日本水产厅公布了东日本大地震后渔港设施受损情况：在震区的岩手、宫城、福岛县的渔港大部分被毁，其中已经确认的受灾渔港数岩手达48个，青森16个，福岛10个。此外，北海道有20个渔港，茨城县14个，千叶县10个，估计受灾渔港数量会大幅度增加。在渔船方面，福岛县受灾渔船855艘、北海道716艘、青森县419艘，宫城县和岩手县渔船受灾情况在调查中。
据媒体报道，千叶县六个渔港有258艘渔船损毁，其中銚子渔港的道路塌陷、龟裂，鱼货收购场受损，现在开始清理渔港的垃圾及破损的渔船，修复港区道路。
以三陆地区为中心的东北太平洋地区沿岸的水产基地严重损毁，特别是南三陸、陆前高田、大船渡、気仙沼、石巻、女川、宮古、山田、釜石等渔港在海啸中渔船损毁、流失，水产加工厂被淹，目前正设法与有关水产业者联系中。
青森县位于日本东北部，也是日本地震和海啸的重灾区之一，受损渔港达16个，全国最大的水产基地——青森县八户地区众多的渔船、鱼市场和水产加工厂被海啸损毁，海岸附近鱼市场和白银町、鲛町和筑港街一带的水产加工厂的设备和厂房严重受损，再加上柴油短缺，估计在相当长时期内无法恢复生产。
3月30日，日本西南部远离地震灾区的宫崎县介绍：该县水产业受灾金额达3827亿日元（约合人民币306亿元），其中渔港损失1875亿日元；12005艘小吨位渔船损毁或流失，占渔船总数的89%，损失1022亿日元。此外，还有大量的定置网和养殖设施损毁。
高知县须崎市野见湾受海啸袭击，养殖的70个鰤鱼塘被毁，57万尾鰤鱼全部流失，真鲷鱼18万尾流失或死亡，估计野见湾水产养殖损失达21亿日元（约合人民币1.68亿元）。
日本的烤鳗厂集中在南部和中部，地震及海啸对烤鳗厂影响不大。
福岛核电站核泄漏事件引起了各国的恐慌，有关国家纷纷加强对进口日本水产品的检查，甚至禁止千叶、福岛、宫城等灾区的水产品进口。