海岛办的主要职责是：草拟海岛保护与利用政策、规划、管理办法、技术规范和标准；拟定和调整海岛对外开放名录，制定和公布重点海岛保护名录；划定领海基点保护范围，保护和管理特殊用途海岛；颁发无居民海岛使用权证书，建立和组织实施无居民海岛使用权附着建筑物和设施产权登记制度，实施无居民海岛有偿使用制度；建立和组织实施海岛生态评估和无居民海岛价值评估制度，以及单位资质和个人执业资格认可制度；监督管理无居民海岛建筑物和设施的建造、废水和固体废弃物的处理，管理临时性利用无居民海岛，管理海岛名称及名称标志的设置，发布海岛统计公报。