13日，国家海洋局南海分局发布《2009年南海区海洋环境质量公报》(以下简称《公报》)，公布了2009年南海海域三省区(广东、广西、海南)海洋环境质量监测结果，现状不容乐观，未达清洁标准海域从2005年的11200平方公里增加到2009年的30750平方公里，5年内增加近两倍。

《公报》指出，2009年，南海海域未达到清洁海域水质标准的面积为30750平方公里，较去年增加21.3%。其中，严重污染海域面积5220平方公里。海水中的主要污染物为无机氮、活性磷酸盐和石油类。
海南污染的海域主要分布在海口近岸。海南近岸海域沉积物质量状况良好。部分近岸海域受到镉和砷的污染，个别站位受到铜和铅的污染。
2009年，南海分局联合相关单位对南海区7个生态监控区，包括河口、海湾、红树林、珊瑚礁等10个生态系统进行了监测。结果表明，南海区近岸海域海洋生态系统较脆弱，处于健康、亚健康和不健康状态的分别占所监测生态系统的50%、40%和10%。
西沙珊瑚礁生态监控区生态系统处于亚健康状态。珊瑚礁生态系统明显退化，从2007年开始活珊瑚盖度急剧下降，死珊瑚盖度急剧增多。
《公报》称，海口新海乡新海村岸段为砂质海岸，海岸线长7公里。该岸段一直处于自然侵蚀状态，年侵蚀率平均不足2米。1998年—2002年间，局部岸段海岸侵蚀后退约80米。2002年该岸段开始修建护岸堤，2009年现场监测时岸堤仍比较牢固，海岸侵蚀现象暂时稳定，沙滩保存完整。
镇海岸段位于海口市长流镇镇海村，为砂质海岸，监测岸线长度约为1.2公里。2006年至2009年间，海岸侵蚀的长度为700米，年平均侵蚀宽度为5米，年最大侵蚀宽度为9米，年侵蚀面积为3500平方米。
由于镇海村的渔港外弧形防波堤的修建，人工岸线增加，海岸侵蚀范围减少，海岸得以保护。但相邻岸段海滩的侵蚀程度加剧。