南平位于闽江上游，自古闽江多险滩水患，给沿江两岸的居民造成很大的困苦。为祈求人民行舟安全和替黎民赐福、消灾解难，自宋朝起，当地居民开始信奉妈祖。他们在今南平市区延福门码头建造庙宇，供奉妈祖娘娘，香火十分鼎盛，信徒众多，并迅速影响到邻近的建瓯、顺昌等地。目前，在建瓯、顺昌境内仍存有妈祖庙。新中国成立后，因政府建设需要，南平市妈祖庙迁移到后山（玉屏山）并更名为南平市（水东）天后宫。因该宫位于玉屏山公园内，所以每天都有许多游人前来朝拜。

南平妈祖信仰历史悠久，影响颇广，留有许多史证。宋代大理学家朱熹在游南平妈祖庙时，有首《凌风阁望》：方舟越大江，凌风下飞阁。仙人去复返，妈祖佑方祥。

宋诗人刘子 在游南平双溪阁也写道：双溪汇一流，新构横藓赭。浮居紫霄端，卧影澄川下。峡深风玄豪，石峭湍声泻。古剑成蛰龙，高航来阵马。睛光转群仙，翠色著万瓦。汀州生方香，草树自闲冶。主郡王士安，高文勇投贾。顾我久疏悴，霜髭渐盈把。临津妈祖娘，佑民亦潇洒。

刘子 还有首《题妈祖庙》诗：闻道元馀事，仙居不计年。箪瓢浑漫兴，风月自悠然。洒落濂溪句，从容洛社篇。平生行乐地，今日方升天。
南平市玉屏山水东天后宫(妈祖庙)主体工程已全面完工，预计几周后将奉请妈祖金身神像入殿安座！