目前对于赤潮的防治，基本上还是以防为主，争取从源头上控制赤潮发生的条件，减少赤潮发生的频率。
首先就是要控制海域的富营养化，减少工业废水、生活污水等陆源污染物质向海洋的排放，同时加强科学的海产养殖和管理，建立生态养殖的新理念，防治海产养殖业的自身污染；
其次，对于重要的经济海区，特别是养殖海区，可以进行人工改善水体和底质环境，比如对已经遭受严重有机污染的底泥进行疏浚，改善底质条件，缓解水体污染；
第三，控制有害赤潮生物外来种的引入，对于通过船舶压舱水和养殖新品种的引入而携带的外来赤潮生物要严加防范，采取科学的监测和管理，将它们拒之门外。
赤潮的治理方法目前还只是在探索阶段，大多数应用于养殖海区，以缓解或减少水产养殖的损失，其方法大致分为三类:
1. 物理方法，就是采用向赤潮水体充气、将养殖网箱下沉或拖曳他处以避开赤潮发生水域、超声波破坏赤潮藻细胞等；
2. 化学方法，就是采用一些对赤潮生物破坏力大、其自身的毒性又比较低、对海洋环境不造成污染或污染非常轻微的化学物质，如硫酸铜、过氧化氢等以及一些凝絮剂，喷洒在赤潮发生海区以杀灭赤潮生物；
3. 生物方法，研究探索“以藻治藻”或“以虫治藻”等方法，挑选和培养出某些赤潮生物的“克星”生物。
对于赤潮的防治，目前依然还是一个世界性的难题。目前，国家海洋局不断加大对赤潮监控的力度，已经在全国重点海域建立了33个赤潮监控区，其中北海11个，东海13个，南海9个，开展高频率、高密度的监事监测，做到监控区内赤潮发现率百分之百；成立了国家和地方相结合、专业和群众相结合的全国赤潮监视监测网络。我国科学家们正在和全世界其他国家的科学家通力合作，加大研究力度，对于赤潮的内在和外在因素的了解及其规律的揭示正在不断深入，可望在不久的将来能够彻底解决这一世界难题。