胶莱新河寿命不长。至元十九年(公元一二八二年)试航，次年就开始受到非议。到至元二十六年，便完全废弃不用了。

这条运河寿命之所以这样短促，究其原因，首先，是受到了当时的技术条件的限制，未能克服航行中遇到的一系列困难。尤其是胶州湾入口处需要穿过马家濠孔道，这里风急浪险，礁石遍布，很多船只未进胶莱新河之前，已在这里毁损。且胶莱河除夏秋雨季水量较充足之外，大部分时间得依赖海潮涌入运道通航。故“船多损坏，民亦苦之”①［注：《元史·食货志》卷九三］。“阿入赤所排河道迤南，用船一百九十四只，运粮四万八千九百六十一石，其船一百四十只内损坏”②［注：《大元海运记》卷上］。损坏率相当惊人。

其次，是当时人事方面的矛盾。据《大元海运记》载，当时力主专事海运的忙兀※［左边一个“角”，右边一个（得）的右边一部分］曾多次上奏，说阿八赤新开的运道“损多益少，漕运勿济”，漕臣囊加解等人又极力支持忙兀解反对胶莱河的开凿。恰巧阿八赤又在缺雨的早春二月匆忙试航。而囊加得、忙古※［左边一个“角”，右边一个（得）的右边一部分］又已组织海运运粮到达大都。与此同时，阿八赤、姚演又被控告“以开神山桥渠，役用官钞二千四百锭，折阅粮米七十三万石”③［注：《元史·世祖本纪》卷一二］，因而被责令退赔，并受处分。

由于以上原因，加上胶莱河确实效益不大，元世祖便决定废弃此河，并将胶莱河水手五千，军土五千及运舟千艘统统调往他处。

但是，胶莱运河应兴应废的问题，一直在朝廷中争论了好几年，直到至元二十六年，会通河凿成和海运探索到新的航线之后，海运万户府又再次向朝廷申奏，乞罢胶莱运粮万户府，胶莱运河才完全废弃。