赤潮藻生长、增殖所必须的无机N、P等营养盐，除一部分可直接来自陆地、工厂、农田的入海污水外，主要的是依靠细菌对入海有机质和死亡的各种生物体的分解、回归水体来获得的；许多赤潮增殖的促进物质（如：维生素B12、B1、H以及核酸、嘌呤、嘧啶、酵母自身消化产物等等）也需要领先细菌在分解有机物的过程中产生；有些兼养和异养的赤潮种，还可以直接以“吞食”细菌为生，可以说赤潮藻的增殖在一定程序上依赖于细菌的活动。