在我国，最早记录在案的赤潮发生于1933年。当年，在浙江省的台州、石浦一带沿岸海域出现了由夜光藻和骨条藻形成的赤潮，造成贝类的大量死亡。

近年来，随着我国沿海工业化进程的加速，以及沿海地区人口的不断增加，通过河流及人工排污渠道输入沿岸海域的各类物质和能量不断增加，这为赤潮的形成创造了诸多有利条件。因此，赤潮的出现频率呈逐年升高的趋势，发生区域也由南向北不断扩大，同时，危害较重的赤潮时有发生。例如，1986年1月，在福建省东山县瓷窑村附近海域出现了由绿甲藻形成的赤潮。数日之后，当地一些居民误食了采自赤潮发生区的菲律宾蛤仔，造成136人出现中毒症状，其中1人中毒致死的严重后果。事后，科研人员在生长于赤潮发生区菲律宾蛤仔体内检出了大量含有生物毒素的绿甲藻，据此初步认定该事件是由赤潮引起的食物中毒事件。又如，1986年初夏在舟山群岛附近海域出现的一起范围较大的赤潮，砖红色的条带状水体绵延30余公里，变色水体时而分出枝叉，时而又聚在一起，从飞机上远远望去，宛如一条奔腾不息的大河坐卧在一望无际的原野之上。再如，1989年盛夏时节，正当我国著名的对虾养殖基地一河北省黄骅市的养虾专业户怀着池养对虾连年获得丰收、收入水平日新月异的喜悦心情，大幅度增加贷款额、扩大养殖水面和增加投饵量，以求使对虾单产和总产再上新台阶的时候，灾难性赤潮从8月4日到10月5日自北向南吞没了连片的虾池。

尽管此间人们以最快的速度在10000多亩水面撒下了近20吨具有增氧、杀菌和净化作用的克浮头、鱼活灵及生石灰，并积极组织对虾提前出池入库，仍造成了2100多万元的直接经济损失。此外，因受赤潮影响，该市海洋捕捞业的直接经济损失亦达2400多万元。这起以绿甲藻和夜光藻为优势种的赤潮整整持续了72天，总覆盖面积约900平方公里。从总的情况看，这起赤潮蔓延速度之快、覆盖面积之大、持续时间之长，以及所造成经济损失之巨大在国内实属罕见。还有，1989年10月间，在福建省东山县八尺门以西海域也发生了一起规模较大赤潮，致使网箱养殖的真鲷，石斑鱼和鲈鱼等大部死亡，所造成的直接经济损失达280多万元。