根据国家海洋局统一部署，自2009年1月1日起启用新版海域使用权证书，旧版海域使用权证书停止发放。如有继续发放旧版海域使用权证书的，均为非法无效，并将追究有关责任人员的法律和行政责任。省厅已向沿海各市县海洋与渔业行政主管部门发出通知，并在大众日报和“海上山东”网站发布公告，同时公布了举报电话。
新、旧版海域使用权证书的主要区别是：新版证书取消了分设正、副本的做法，仅设一本证书；新版证书采用了最新批准公布的海域使用分类体系和海籍调查规范，分别设置了“用海类型”和“用海方式”，增加了“用海设施和构筑物”，宗海图改为分设宗海位置图和宗海界址图；“年度审查”改为“海域使用金缴纳记录”；增加了“他项权利设定记录”。