近年来，江苏省海洋水产研究所大力开展海产品新品种研发、参与产业园区规划及海洋生态环境保护，积极支持江苏省沿海地区走“绿色养殖”之路。

2001年至今，江苏省海洋水产研究所已进入其发展的第四个时期，“重新调整功能定位、明确为公益类研究所”。该所的业务触角越来越多地延伸至“大海洋”研究领域。2010年，该研究所完成了省级现代渔业产业园区—万亩海参园区的整体规划。近年来，该所较突出的研究成果有4项，分别是：条斑紫菜产业化开发,滩涂贝类苗种培育及健康养殖模式推广、鱼类苗种繁育及养殖技术研发、海珍品新品种研发。

不仅如此，为了养护海洋生物资源、促进海洋渔业可持续发展，近年来，该研究所逐年加大增殖放流力度。最近三年间，研究所累计放流文蛤、大竹蛏苗种及种苗、豆蟹、黑鲷和大黄鱼苗种等4亿万尾（粒），经济效益和生态效益明显。

该所在产学研合作方面成果也较为明显。为了加快苏北发展步伐，该所开展了一系列研究，如：一、对核电站温排水利用等重大项目及海湾承载力、海岸带安全生态格局、海洋环境容量、海洋生态环境修复等基础性研究项目的合作申报……
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