鹿耳门与安平是昔时出入台南海道的两个咽喉。荷兰人占据台湾时，在安平筑有堡垒与赤嵌城隔海相对，控制安平港出入。在鹿耳门附近，则因港阔水浅，海船难于进出而疏于防守。国姓爷郑成功光复台湾时，相传全赖妈祖庇佑，鹿耳门潮水骤涨数尺，才使水师得以挥师直入，泊港登岸。及兵临赤嵌，荷兰人难以抗拒神兵天降，乃献城纳降。是以建天后行宫于登陆地点北线尾屿以祀之。

古鹿耳门天后宫已因河川改道冲毁。今庙在公元1977年扩建成如今规模。其建筑高大雄伟、金碧辉煌。每当海滨夕照相映，更是一片灿烂，气象万千，不愧妈祖圣地。所祀圣母尊像，或为前朝流传。内枝外叶，八狮椅座，古色庄严，雕刻脱俗。用材“宣芝”专家鉴定已有千年历史。雕刻亦非一般匠人所为，显系名家精心杰作。