该办法共分21条，涵盖了海洋功能区划、海洋审批权限、用海申请、海域使用权流转、海域有偿使用以及责任追究等方面的内容。该办法规定了应提交海域使用论证报告书的用海类型。要求申请使用海域必须要符合海洋功能区划，并且是没有设置海域使用权和没有争议的。海域使用权的取得除依法申请外，还可以通过招标、拍卖方式取得，如果有两个以上申请人申请使用同一海域的，应当采用招标或者拍卖方式出让海域使用权。该办法还明确规定了省、市、县三级政府审批填海、围海、不改变海域自然属性的项目用海的面积。