牡蛎肉嫩、汤鲜、营养价值高，有些还具药效，为世人所推崇。但它的养殖面临着多种问题，除来自微生物和动物引起的疾病以外，它还遭遇到人为环境的压力，来自本身的恶变及各种敌害生物的侵袭。本文论述以上的相关问题，以引起各方人士注意并改进之。
1、绿蛎病
病源有两种，一是舟形藻；另一是过多的含锌物所致，这一般是牡蛎吸收了过多的环境污染锌造成。
2、瘤
4、种牡蛎有螯生瘤的条件，如美洲巨蛎，就有血细胞生瘤条件，可染血瘤病，其组织、细胞病理、病因及其发病机理也有研究。该生瘤条件与病毒有关。
美国的青牡蛎生瘤有季节性和传染性。
2．1 增生无序
少数成年美洲牡蛎，其泡沫状结缔组织中有异常增生变化，其特征是出现过量的未分化的海蕾细胞。细胞大核偏心、嗜碱，由较浅的染色质围绕，有丝分裂异常。
2．2 配子母细胞过度生长
除牡蛎的围心区生长出长达3cm的间质瘤外，一些美洲牡蛎生殖腺体中有过度生长的配子母细胞和退化的配子母细胞，称作为卵（细胞）囊肿，这很容易地联想起肿疡病毒。配子母细胞在雌体中呈现为卵形，但受影响的美洲牡蛎是雄体的，而外表上则这些细胞及相关病毒在雄体中很少，因此表明该病可影响未分化的任一性别的配子母细胞。换言之，受影响的细胞可能代表随性别转回雄体的雌体期残卵，因牡蛎在一定程度上是间性的。典型精巢可能有少数卵受此病毒感染，染此病者不多，病理学意义也不大。
3 、牡蛎的敌害
3．1 鱼类
以肉食性鱼为主，包括河豚、黑鲷、海鲫及鳐鱼等。鳐鱼用其强硬的齿咬破近江牡蛎的贝壳再吃之。对付鳐鱼的办法是在水中插有可移动的竹木等物，以达到恐吓或预防其游近之目的。害鱼对蛎苗的危害更为严重，防范方法只有在苗区围网或诱捕之。
3．2 贝类（残食生物）
以肉食性腹足类动物为主，包括红螺、荔枝螺、蚵螺、香螺、玉螺、纺缍管蛾螺及土嘴瓜等。
(1)蛎敌荔枝螺的螺壳面具结节或棘状突起。隐居于潮间带及低潮线下之岩石下。春末至5月产卵，5000~10000个/只。酸液穿孔贝壳，麻痹养殖如牡蛎等贝类，并使之开壳再食其内脏团。对幼蛎，其穿孔本领很大，危害更重，严重时可使一半遭殃。有报道的受害区如闽粤一带沿海养蛎场。
(2)玉螺，侵害方法是先以外套膜包围被害对象，再从穿孔腺分泌液汁溶贝壳后即可伸吻入贝壳内食肉之。危害时间是4~11月份。
(3)属壳菜蛤科的土嘴瓜营底上或水中固着生活，在蛎场大量生长后即将蛎串包满，使蛎难以摄食和呼吸而至死去，这在台湾西海岸的内湾或潮沟处时有发生。
(4)红螺栖息地在砂泥或砂砾底质的低潮线下。它夏季繁殖，其卵附于蛎壳或石块上。它对近江牡蛎的危害很大。
(5)此外一些贝类动物产生麻痹性贝毒致牡蛎死亡，这在日本也常见。
对付方法：找准出现时机和现象以捕捉之。每年10~11月份左右玉螺排出形似无顶笠帽的卵，这样可以拾除之。0．2~0．3ppm的石灰水液喷洒养殖池，可迫使玉螺出土而捕之。以10g/m2的用量在涨潮前泼洒五氯酸钠溶液，可使大部分玉螺死去。
3．3 棘皮动物
包括海燕、海盘车、海星等。
危害大连湾牡蛎和密鳞牡蛎。一个海盘车吃坏20只牡蛎。不过有的人认为，海盘车可蚕食藤壶及螺，从而为牡蛎除害。这类棘皮动物生活在高盐海区。海星损坏牡蛎：20只/天/个海星。
3．4 甲壳动物
甲壳类可使牡蛎生长不良而死去。危害牡蛎的甲壳类动物还有锯缘青蟹等蟹类。它们以其强大的螯足钳破蛎壳而食之。也藏身于牡蛎苗附着器空隙，伺机嚼食蛎苗。
3．5附着生物（竞争生物）
包括藤壶、紫贻贝、海鞘、苔藓虫、石灰虫，薮枝虫（薮枝螅水母）、金蛤等。侵害主要以与牡蛎争夺固着基、氧气和食料为手段，因而影响牡蛎固着和生长。其中以藤壶为最重。藤壶繁殖季节早于牡蛎。掌握好采苗季节，适时投放固着基，以有效避免藤壶固着。真枝螅附生于太平洋牡蛎鳃上可致牡蛎大量死亡。褶牡蛎则是太平洋牡蛎的竞争者。聂宗庆，曾用油喷灯或火把燎烤养殖绳可烧死贻贝、海鞘、藤壶等污损生物，还可促使牡蛎生长。
3．6 鸟类
鸟类也是牡蛎养殖的一害，如蛎鹬，它们啄食牡蛎等贝壳类动物。
以上关于敌害生物的研究，在中国主要是针对近江牡蛎的。
4 、赤潮
其危害是赤潮生物的毒素所致。毒素一是毒化水质，二是毒害养殖生物。赤潮生物包括原甲藻、亚历山大藻、米氏裸甲藻、棕囊藻、多环旋沟藻等。严重赤潮可使50%以上牡蛎死亡。养殖密度过大也可发生赤潮。此外，夜光虫、角藻等的大量繁殖也参与进来。广东沿海牡蛎也曾遭麻痹性毒素的影响。
消灭方法：CuSO4结晶泡成的溶液，浓度为 0．5~1．0ppm，即可有效杀灭之。
5 、重金属、石油等
养殖水体过量的汞、镉、铅、锌、铜、铬等重金属及硫化物、砷、有机氯、多氯联苯、总丁基锡、河豚毒等可使牡蛎的生态环境及免疫功能大受影响。石油污染已使厦门一带的僧帽牡蛎抗氧化酶不能正常发挥作用。
6 、综合性因素的恶化
养殖环境污染加重及水体质量（包括过高水温和盐度）的恶化，加上单一品种密度太大，超负荷运转，病、虫、灾害性生物大肆活动，使整个水体的生态平衡遭到破坏。牡蛎在繁殖季节里生理活性降低，繁殖生理受到障碍，其生命周期中止或病态变异。加上养殖工艺落后，作业方式不完善等急功近利的措施，最终导致养殖大面积亏损，经济效益总体下滑，后劲不足。为了抵御病害和环境恶化，寻找和发掘牡蛎本身的御敌机制也就十分重要，这包括防卫素的应用，抗感染、抗逆分子、热休克蛋白基因的提取与克隆等。
