1. 3月1日，曾培炎副总理代表中国政府正式宣布国际极地年中国行动计划正式启动。
2. 3月16日，第十届全国人大第五次会议审议通过《物权法》，海域使用权被作为用益物权写入，海域物权制度在我国民事基本法律体系中得以确立。
3. 4月11日，我国第二颗海洋卫星一号B卫星成功发射并交付使用。
4. “大洋一号”船执行中国大洋第19航次科考任务时，当地时间3月1日在西南印度洋发现新的海底热液硫化物活动区域，并在返航途中首次停靠香港，受到香港各界热烈欢迎。
5. 1月22日，《全国海洋环境监测体系业务“十一五”发展规划（纲要）》发布。《纲要》是我国“十一五”海洋环境监测工作的纲领性和指导性文件。
6. 4月9日，国家海洋局首次发布我国海洋生产总值数据，我国2006年海洋生产总值超过2万亿元。
7. 6月，中国海监举行成立以来最大规模的海空巡航演练。
8. 9月，我国正式启动全国海岛保护与开发规划编制工作，这是我国首次从国家层面上对海岛保护、开发与利用进行全面的规划与部署。
9. 11月20日，面积达6000多平方米的中国海洋档案馆新馆在天津塘沽揭牌并开馆，这是海洋档案事业发展新的里程碑。
10. “雪龙”船和“向阳红09”船分别于11月6日、11月28日成功完成改造，我国极地、大洋考察能力得到极大提升。