在渔业水域生态环境保护能力建设、提升资源环保科研水平方面，东海区局加强了东海区及长江流域涉渔工程环评能力建设，积极参与重大涉渔工程环评工作，首次开展了工程建设项目环境影响评价专题咨询。同时，还组织编写了以工具书为定位的《东海区海洋渔业资源及其可持续利用》一书，及时总结资源、环境监测调查成果，发布《东海区海洋渔业资源动态监测分析（2006年）》和《东海区海洋渔业生态环境监测分析（2006年）》，为科研、渔业生产和管理服务。

在海洋渔业生态环境、渔业资源监测方面，一是组织实施了东海区渔业资源调查，目前已完成3次、125个站点的大面同步定点调查，利用各类典型作业渔船46艘，重点就东海区6种主要作业和10多个主要渔业资源品种，对东海区海洋渔业资源状况进行了全年常规性的动态监测，并刊发资源动态简报70期，定点调查总结3期。二是完成了5月份以及8月份的长江口、杭州湾、舟山渔场西部环境监测调查和东海区沿岸重要渔业水域78个监测站点、2个航次、30多个项目的环境监测调查，编发了“东海区渔业水域环境监测通报”。

在积极开展渔业资源保护及生态修复工作方面，一是严格执行海洋伏季休渔制度，开展了3次陆上巡查和5次海上联合执法行动，查处违规渔船177艘次，扣押回港76艘次。二是积极推动工程生态补偿措施的落实，大力开展人工增殖放流，共投入经费470万元，放流各类苗种11019.5万尾（只、粒），并结合大规模放流工作实施了“生态修复使者行动”等系列宣传活动，通过新闻媒体的广泛报道，扩大了宣传面，取得了良好的宣传效果。

在涉渔工程环评及渔业污染事故调处工作方面，一是完成农业部渔业局委托的涉渔工程环评报告书审查工作，共计审查环评报告书10个；二是积极开展渔业污染事故调查、索赔工作，先后开展了海州湾海域“308” 沉船事故协调、舟山海域“4·22”漏油事故索赔和“3.17”浪岗海域沉船事故监测调查等工作；三是研究制订了《东海区海洋渔业污染事故处理应急预案》，并将于近期发布。

在长江水生生物养护工作方面，一是精心组织，成功举办了由农业部、水利部、交通部、国家环境保护总局、国家林业局、沿江十省（市）人民政府、中国三峡工程开发总公司、世界自然基金会（WWF）等17家单位和机构共同发起，农业部和上海市人民政府共同主办的“长江生物资源养护论坛”，发表了14位中科院和工程院院士联合签名的《保护长江生物，关注长江生态》院士倡议书和论坛17家发起单位共同发表的《长江生物资源养护论坛上海宣言》。长江生物资源养护论坛的成功举办，标志着长江生态保护工作的新起点，是探求长江可持续发展的有效合作平台，对建设和谐长江、生态长江、生命长江将发挥积极的作用。二是组织实施长江禁渔期制度，禁渔期沿江组织了6145次检查，并开展“媒体看禁渔”活动，强化禁渔工作的宣传。此次活动中电视报道2274次，电台报道 1149次，报刊登载1662篇。另外，加强了刀鲚、凤鲚专项捕捞的管理和监督检查工作，刀鲚证发放较2006年压减了约7%。三是开展了整治非法捕捞专项行动，分3个检查组对云南、江西、四川等省进行陆上巡回检查。四是继续做好长江渔业资源与环境监测工作，制定并完善了《长江渔业资源与环境监测网络章程》。五是推进长江水生生物资源养护工作，协调长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区的工作，参与长江上游保护区保护措施补偿科研项目的验收，积极参与长江生态环境保护活动。