近年来，锦州市海洋与渔业局在大力发展海洋经济的同时，继续加大海洋环境保护工作。经过几年努力，该市海洋环境保护实现新跨越。
加大投入力度，完善管理体制。组建了市海洋环境保护处、中国海监锦州市支队、市县两级海洋环境监测预报中心站等环境保护工作机构，落实人员编制75人。近3年市财政每年投入600多万元用于海洋环境保护，确保了海洋环境保护工作有人抓、有钱抓。
突出规划先行，推进有序保护。启动了《锦州市海洋环境保护规划》编制工作，对海洋环境保护中长期目标、任务、保障措施进行了规划和明确，确保了海洋环境保护工作的有序开展。
严格依法行政，严把海洋工程环评关。在海洋工程建设项目中，对不符合环保要求的新建或改、扩建项目坚决予以否决。使该市大型海洋工程建设项目“环境影响评价”、“三同时”制度执行率达到了100%。
加强即时监测，有效治理污染源。坚持一手抓监测、一手抓治理。自2007年起，每年对2个重点排污口和5个一般排污口及大、小凌河口海域和增养殖区，实施实时监测，促进了海洋环境质量的改善。并定期发布《海洋环境质量公报》，为政府科学决策提供了依据。
设立保护区，提高海洋生态建设水平。2009年建立了锦州大笔架山国家级海洋特别保护区，并在保护区内建设国家级海洋地质公园。这是我省唯一的国家级特别保护区。它的建立为在更大范围内协调海洋资源开发，实现海洋经济、社会与生态环境协调发展提供了广阔的空间。
强化基础，提高应急处置能力。提高了应对海洋灾害的预防能力。成立了“锦州市防控海洋赤潮、风暴潮工作领导小组”，制定了《锦州市应对严重海洋环境污染事件工作预案》和《锦州市防控海洋赤潮工作预案》，并在全省率先进行了海洋灾害“风暴潮”和“赤潮”应急演练。