海洋环境保护与生态环境修复技术在"十一五"期间的发展目标是：在海洋生态环境应用基础性研究领域有突破性进展；在海洋环境污染预防和控制技术、海洋环境污染的生物修复技术、入海污染物处置工程技术等方面的高技术及关键技术实现新突破；在海洋环境容量及其利用技术和生态系统行为与环境影响等方面研究取得较大进展。
尽快转化"九五"期间在高技术和攻关技术开发中的相关研究成果；建立2个～3个海洋环境保护与生态环境修复示范区，建立我国海洋生态环境基础信息系统、物种资源信息系统、环境质量和生态健康标准体系；在对新的海洋生态环境问题的调查与研究中，建立中长期发展的基础。
其优先关注的海洋生态环境问题是近岸海域环境污染加速扩展、大规模富营养化和赤潮灾害、近岸海域生态环境破坏、污染物来源及海洋生态环境效应问题。
优先关注的科学技术问题包括污染损害的环境变异和生态系统演替过程、海域自净与容纳能力、海洋生态环境可持续利用能力、容量总量控制技术、污染的生物修复技术、生态环境修复工程技术、赤潮等环境灾害的应急处置技术、入海污染物的处置工程技术、海洋生态环境管理技术等问题。