2001年，山东省人民政府批准建立青岛大公岛岛屿生态系统自然保护区。保护总面积1603公顷。主要保护对象为海洋生态系统。
该岛位于青岛市前海海域，面积16平方公里，其中海域面积约15.83平方公里，岛屿面积约0.17平方公里，包括大公岛、小屿和五丁礁。大公岛保护区地理位置优越，自然资源丰富，海域开阔，水质优良，海洋生物种类繁多，有多种鱼类和贝类以及海珍品(刺参、盘鲍)生长，是青岛的近海渔场。
保护区最大岛屿—一大公岛，距大陆最近点约14.8公里，面积0.1555平方公里，岸线长1.93公里，最高点海拔120米，是青岛第二高岛。小屿面积0.01129平方公里，岸线长0.61公里，最高点海拔41.9米，距陆地最近点14公里。五丁礁又名五顶礁，距麦岛南10.7公里，为花岗岩礁。大公岛上植被繁茂，鸟类资源丰富，是海鸟和候鸟的主要栖息繁殖地，是我国东部候鸟迁徙必经之地，岛上有国家一级保护鸟类9种，国家二级保护鸟类38种。其它动物资源初步调查发现：昆虫约有l20种，两栖类2种，爬行类5种。
保护区设核心区和实验区。核心区设在大公岛南坡及南部海域，重点保护鸟类和海洋生物资源及栖息繁殖环境。其中，鸟类保护核心区为大公岛南坡，面积为2.51公顷，海洋生物保护核心区为大公岛南部海域，面积为17.54公顷。实验区为核心区以外的其他区域，在该区域内，在不破坏其群落环境的情况下可进行有控制的增养殖生产实验、教学实习、科学研究、参观考察、旅游观光、驯化及繁殖珍稀野生动物等活动。
青岛大公岛岛屿生态系统省级自然保护区经批准后，按照有关条例的规定和青岛市政府的要求，由青岛市海洋与渔业局负责对其进行总体规划和管理，并建立相应的管理机构，目前青岛大公岛岛屿生态系统省级自然保护区管理站(正处级单位)正在审批过程中。保护区及相应管理部门的设立、管理职能的具体实施将对拯救大公岛及附近海域的自然生态系统，保护稀有生物资源，保护海岛的自然景观，充分发挥保护区生物物种及生态环境在青岛市教研、文化和经济方面的积极作用，对促进青岛市国家及生态系统示范区的建设和可持续发展具有重要意义。

2005年1月6日