为了加快东北亚航运中心建设，大连对市区南部海域功能进行了调整，给海水养殖业的发展带了一定的冲击。为继续保持大连市海洋渔业大市的地位，在不影响港口、旅游用海和不影响生态环境的前提下，大连提出要以科学的发展观调整优化渔业结构，通过向陆域调整、向北三市调整、向长海县调整、向底播增殖新领域调整、向优势高效品种调整、向远洋渔业调整、向水产品精深加工调整、向休闲渔业调整等，实施海洋渔业结构和布局调整的六个“百万工程”。即到2007年陆地工厂化养殖面积发展到100万平方米，海参底播增殖和港池养殖面积发展到100万亩，虾夷扇贝底播增殖面积发展到100万亩，滩涂贝类增养殖面积发展到100万亩，魁蚶底播增殖面积发展到100万亩，水产品加工产量增加到100万吨。目前，六个“百万工程”完成情况良好，在大连市南部海域功能调整，养殖规模不断减少的情况下，保证了海洋渔业经济效益逐年提高。2006年我市实现渔业产值167亿元，渔业社会总产值304亿元，同比分别增长8.09%和12.1%；水产品出口创汇10亿美元，增长16.3%；渔民人均收入11800元，增加1300元。