2004年，东海区全海域发现赤潮的次数较上年减少，面积增加。全年共发现赤潮56次，较2003年减少30次，接近于2002年，高于2001年（如图）；累计面积约18380平方公里，较2003年增加约60%,为历史最高水平。赤潮发生次数和累计面积分别约占中国全海域的58%和67%。

全海域共发生100平方公里以上的赤潮26次，其中，500平方公里以上的赤潮5次，接近或超过1000平方公里的赤潮7次。有毒赤潮生物引发的赤潮5次，面积约1500平方公里，其中面积最大一次有毒赤潮为5月份发生在渔山列岛海域的以具齿原甲藻为优势种类、链状亚历山大藻为伴生的赤潮。
赤潮发生的主要特点：①赤潮高发期集中在5～6月，其中，5月中下旬浙江近岸海域发生赤潮25起，累计面积近13000平方公里（如下表）；②大面积赤潮主要集中在长江口外嵊山海域、中街山列岛邻近海域，渔山列岛至南麂列岛等浙江中、南部海域；③主要赤潮生物为具齿原甲藻（无毒），由该种形成的赤潮分别占到整个东海区赤潮累计发生次数和面积的76%和94%。