区别有毒赤潮和无毒赤潮的方法有两种：
（1）当某一海域发生赤潮，技术人员立即赴现场进行监测，采集赤潮生物标本，鉴定出有毒或无毒赤潮生物种类，确定其种群密度即赤潮生物总经胞数，如生物细胞数量达到或超过一定数量时，为有毒赤潮；当赤潮有毒生物细胞数低于规定数量时，为无毒赤潮。赤潮有毒生物的细胞数量的多少是区别有毒、无毒赤潮发生的一个重要指标。
（2）在赤潮发生海域设数年取样点，采集海水水样或贝类，送实验室进行海水中赤潮毒素检测。测定的赤潮毒素达到或超过一定标准（80μg/100G或20μg/100G）的，可视为有毒赤潮发生。如低于标准的可视为无毒（或低毒）赤潮发生。在赤潮生在区进行海水水质赤潮毒素的测定也是判别有毒赤潮和无毒赤潮发生的有效方法。