2009年12月7日，水科院黄海所—厦门大学海洋与环境学院战略合作协议签字仪式在厦门大学举行。厦门大学副校长张颖、黄海所副所长金显仕、中国工程院院士唐启升和雷霁霖等领导和专家出席了签字仪式。

按照协议约定，双方将按照“优势互补、互利互惠、平等自愿、共赢发展”的原则，在联合培养海洋生物学、海洋生物技术等领域研究生；紧密围绕国家需求共同开展科学难题攻关；联合申报国家重大重点科技攻关项目；建立健全互访和联席会议机制、信息沟通机制等方面加强交流合作。

黄海所和厦门大学海洋与环境学院均是我国海洋科学、水产科学的重要学术机构和人才培养基地，双方在许多领域各自具有优势和特长。近10多年来，双方已在各方面取得了卓有成效的合作。为了进一步加强合作，共同提升科学研究、人才培养及社会服务方面的能力，双方决定签署战略合作框架协议书，共同推进海洋学科和水产学科的建设，提升海洋与环境领域、海洋生物资源可持续开发与利用领域的科技创新水平。