国务院环境保护部门主管全国海洋环境保护工作；国家海洋管理部门负责组织海洋环境的调查、监测、监视、开展科学研究，并主管防止海洋石油勘探开发和海洋倾废污染损害的环境保护工作；中华人民共和国港务监督机构负责船舶排污的监督和调查处理，以及港区水域的监视，并主管防止船舶污染损害的环境保护工作；国家渔政渔港监督管理机构
负责渔港船舶排污的监督和渔业港区水域的监视；军队环境保护部门负责军用船舶排污的监督和军港水域的监视；沿海省、自治区、直辖市环境保护部门负责组织协调、监督检查本行政区域的海洋环境保护工作，并主管防止海岸工程和陆源污染物污染损害的环境保护工作。