随着海洋经济的迅猛发展，海域使用管理工作面临的形势日益严峻，一些大项目为赶进度，依然存在 “边申请、边审批、边施工”的情况，一些村民组织、个体更是肆意填海或侵占海域，海监部门虽然不断加大执法查处力度，但由于受到各种因素制约，对违法用海行为的打击难以行之有效，因此必须引入新机制，进一步强化海域使用管理工作。

一是政府领导问责制。海域使用许多涉及政府行为，如码头、公路、基础设施等建设项目，这些项目事关地方经济发展大局，因此常由政府领导亲自挂帅，致使地方海监部门不敢执法检查，对于非法用海行为也只能听之任之。而对于涉及村民集体组织或个体的违法用海，特别是非法填海行为，由于缺乏必要的强制手段，也难以进行查处。当前要进一步规范海域使用管理，严厉打击违法用海行为，必须要建立地方政府领导问责制，将海域使用管理与沿海地方政府领导的工作政绩相挂钩，实行一票否决制，提高地方政府领导依法管海的责任意识。

二是刑事责任追究制。2007年3月1日起，国家施行统一的海域使用金征收标准，违法用海案件的处罚标的随之大幅提高，特别是非法填海案件，在罚款时少则几万元，多则几百万元、几千万元，有时甚至上亿元。巨额罚款给案件执行带来极大难度，同时非法填海所造成的危害后果难以消除，因此对于海域使用管理，必须借鉴土地、林业等部门的管理模式，引入刑罚机制加以约束，对重大违法用海行为，不仅要依法给予行政处罚，还必须追究当事人的刑事责任，以增强威慑力。

三是相关部门协作机制。海监部门在查处违法用海案件中，经常需要对一些土地使用权证的用地范围进行界定，而有的国土管理部门常以海监部门无权查阅为由，拒绝海监人员查阅相关土地审批档案资料，影响了执法工作的正常开展。另外若要查扣违法工具及物品，如果没有公安、边防等部门配合，根本难以执行，而这些部门通常以法律依据不足或工作难度大借故推脱。目前对于违法用海案件，还存在委托鉴定难的问题，由于有海域测量资质的部门较少，这些单位业务繁忙，也惧怕涉及案件诉讼，因此一般不愿意为执法部门提供技术支持。综上所述，必须要引入并建立相关部门的协作机制，共同促进海域使用管理工作的开展。