赤潮造成的危害主要有以下3个方面：
一是危害海洋渔业资源和生产。1993年夏季，我国沿海数以千计的对虾养殖场，均遭到不同程度虾病的危害，很多
繁殖场的对虾全部绝收，这是我国近十几年养殖历史上罕见的灾害，经调查分析导致这场灾害的罪魁祸首就是赤潮。
二是某些赤潮生物通过一些海产品的积累、传递，进而危害人体的健康。1986年12月，福建东山县一些群众因食用赤潮发生区里花蛤，．造成136人中毒，1人死亡的事故，经分析化验发现花蛤消化系统内均存有大量裸甲藻。这种藻是赤潮生物中有毒藻类的一种，毒素很高，对人体危害极大。
三是海域里一旦发生赤潮，会给海洋环境造成新的污染。赤潮生物的残骸，在海水中氧化分解，可以消耗水中的大量溶解氧，造成缺氧环境，这样就会加速一些厌氧微生物继续分解赤潮生物的残骸，产生大量硫化氢等气体，使海水进一步恶化。