地域性 不同地域的渔民有着不同神祗信仰，如海南省渔民系不同朝代、由内地不同地方迁移而来，他们所供奉的保护神就各不相同：海口一带信奉天后娘娘、海北公、江大将军，北港一带信奉黑公（西楚霸王），文昌一带信奉南天水尾圣娘、一百零八兄弟公，琼海一带信奉三江晶信夫人，东方、昌江一带信奉天后娘娘、昌江公，儋州、临高一带信奉大光华（一说二郎神、一说姜子牙坐骑），东部海岸渔村信奉木头公；此外，还有吴圣真人、梅仙大帝、中水候王、赵大元帅等。在海南诸岛，还建有不少珊瑚庙。

历史性 不同时期的渔民有着不同的神祗信仰，如山东省荣成渔民最初供奉北海之神，后相继出现众多区域性神抵：有从唐代开始信奉、今日仍是石岛一带保护神的赤山明神，有护佑千步港海域的上庄镇海神黄华大王，有每年从东北回故乡荣成一次的乡土性神祗李龙爷。成山头渔民信奉始皇帝、源于清嘉庆二十三年（1818年）一艘货船沉没后，唯一幸免的徐复昌声称被始皇庙一丝白光指引上岸，于是一代帝王演变成一方海神。当妈祖信仰由南渐北，荣成沿海便出现龙王、海神娘娘、始皇帝“三神并立”的格局。

水域性 不同水域的渔民有着不同的神祗信仰，如旧时钱塘江流域各府州县均有宣灵庙，宣灵王是南宋初年的周缪宣，死后为专司风雨之神；“九姓渔民”船上供其画像，就连出行走水路的戏班也祭祀他。洞庭湖一带大庙不离洞庭王爷、小庙不离杨泅将军。洞庭王爷名曰柳明英，给东海龙王传书、搭救三公主龙女；封为洞庭王爷后威镇邪恶，忠实履行职守保护渔民船民。洞庭湖船家舵房的神龛，供奉杨泅将军、赵公元帅、水母娘娘、魏公菩萨、关帝圣君、鲁班先师等神祗，充分体现楚地“重淫祀”之特点。

民族性 不同民族的渔民有着不同的神祗信仰，如以“本主崇拜”为特色的白族，崇拜的本主是祖先和促进本民族发展、为百姓做好事的人物；在云南大理洱海的海岛上，白族渔民供奉本主张三星，该庙名为“三星庙”。分布于广西北部湾山心、巫头和万尾岛的京族渔民，视大海为神灵，每次出海均要向设在船头的海公海婆神位焚香祷告；他们把白龙镇海大王奉为三岛开辟神、海上保护神，每逢哈节举行仪式，将其从大海对面的神庙迎回哈亭享祭；每年腊月二十至二十八，由“网头”召集共同作业的“网丁”、并主持做“年晚福”。