我国的赤潮研究起步较晚，最早有文字记载的是1933年原浙江水产实验场费鸿年报道发生在浙江镇海至台州-石浦-带的夜光藻-骨条藻赤潮，之后近20年时间，由于日本的侵略和国内战争等原因而无人问津。直到新中国成立至今近50年的时间，经过一代人的努力，这门学科-赤潮灾害学才从无到有、从小到大、由浅及深的发展起来，为推动我国赤潮灾害学自身理论建设和赤潮的防治与管理做出了世人瞩目的科研成果，其发展过程大致可分为三个阶段。
初始阶段（1952-1976）
这一阶段主要是从1952年原中央水产所记述发生于黄河口范围约1460km2夜光藻赤潮及危害，后经费鸿年在“学艺杂志”正式发表这一文章为开始的。这一时期缺乏对赤潮的认识和调查监测，资料甚少，只见到周贞英（1962）报道在福建平潭岛附近海域发现的两次“东洋水”-即束毛藻赤潮和陈亚瞿（1972）报道发生在长江口以东外海面积约2000km2的束毛藻赤潮等论文报告，工作零星，基本上停留在赤潮现象的定性描述，尚未进行过赤潮专项调查研究。
起步阶段（1977-1989）
这个阶段是从1977年由于在渤海湾海河口发生规模宏大、持续时间长达50多天的微型原甲藻（Prorocentrum mininum）赤潮及其对渔业造成的严重危害以后，才引起我国政府和有关部门高度重视开始的。国家和有关部门相断开始设立赤潮研究专项，组织有关科研教育部门进行专题研究，特别值得一提的是1978年国家环保局设立的重大科研项目－－渤黄海污染防治研究项目中的145专题“渤海湾赤潮的发生机制及预测方法研究”并由中国科学院海洋研究所赤潮课题组率先组织实施“渤海湾富营养化和赤潮问题”的调查研究以后，赤潮专项研究才犹如雨后春笋般在黄海、东海和南海相继开展起来（邹景忠，1987）。我国著名的浮游生物学家郑重教授（1978）发表的“赤潮生物研究－－海洋浮游生物学的新动向”一文，对当时我国赤潮研究工作的开展也起到积极的推动作用。为加快我国赤潮研究步伐和提高水平，1981年邹景忠在大连市召开的全国海洋环境科学研讨会上所作的“渤海湾富营养化和赤潮问题报告”着重提出了今后应加强对：（1）赤潮生物分类和生态的研究；（2）赤潮生物的分离、培养和实验生态研究；（3）赤潮发生机制和预报方法的研究；（4）赤潮防治方法和原理的研究；（5）航空遥感在赤潮监测应用的研究以及（6）N，P循环的研究。在全国有关单位和专家共同努力下，至1990年除了通过调查监测记录到85次赤潮（其中南海28次，东海42次，黄渤海15次），其中14次由有毒种类形成的赤潮外，我国学者还先后完成了一批国家和省市重点研究课题，获得了大量有关赤潮生物学和生态学以及赤潮成因的基础数据资料及科研成果（曾呈奎、周名江、邹景忠，1993），大大扩大了研究覆盖面，开始由定性描述进入半定量或定量研究，为全方位系统研究赤潮奠定了基础，但从总体上看，绝大多数工作尚处于起步阶段。
与此同时，这一阶段研究赤潮的单位也有所增加，研究队伍不断扩大，并开始走向部门单位间联合研究的道路。如1985年12月由国家海洋局南海分局、暨南大学、中山大学、中科院南海研究所和中国水科院南海水产研究所5个单位联合成立的我国第一个专门研究赤潮的联合体－－“南海赤潮研究中心”，推选国家海洋局南海分局梁松局长为主任，暨南大学水生生物所长齐雨藻为副主任，并于1988年11月组织召开了“全国首届赤潮问题学术讨论会，组成“全国赤潮研究联合体”。
发展阶段（1990-2000）
1990年以来，我国赤潮研究开始跨入了一个新的发展阶段，这个阶段的重要标志是于1990年由全国赤潮研究联合体申请获得国家基金委资助开展的重大项目“中国东南沿海赤潮发生机理研究”开始的大规模、多学科综合研究（1990-1994）和由国家科委资助的“八五”攻关专题“近海富营养评估和赤潮预测技术研究”（1990-1995）、国家攀登计划B专题“有机污染诱发有机赤潮及危害机理研究”（1994-1998）以及国家基金“九五”重大项目“中国沿海典型增养殖区有害赤潮发生动力学及防治机理研究”等（1997-2000）（表达5.3），其主要特点是研究领域全方位、研究内容的前沿性、前瞻性，开展了包括：赤藻甲藻的孢囊生理生态及生活史、赤潮微型甲藻识别新技术、赤潮种群生态动力学，赤潮生消过程、成因和机理，开拓赤潮藻种间及藻菌相互作用，赤潮毒素及产毒、致毒机理，赤潮的生物、化学治理方法、赤潮的生态数值模拟及围隔生态系实验应用研究等，获得了一批具有创新性的研究成果。其中大部分工作属于填补国内空白，部分内容属于跟踪国际前沿、与国际接轨的前期工作，少数属于世界开创性工作。
为了提高我国赤潮研究水平，并与国际上接轨，联合国政府间海洋学委员会（IOC）和海洋研究科学委员会（SCOR）中国委员会，于1992年在上海成立了联合国政府间海洋学委员会（IOC）及海洋研究科学委员会（SCOR）赤潮工作组中国委员会，推选暨南大学齐雨藻教授为主席，中科院海洋研究所邹景忠研究、国家海洋局第一海洋研究所朱明远研究员为副主席。这也是我国赤潮研究日趋成熟、队伍不断壮大的又一重要标志。
