国家海洋局２００５年对１８个近岸海域生态监控区开展的生态监测表明，我国珊瑚礁、红树林和海草床生态系统处于健康状态。

西沙群岛珊瑚礁生态系统，海南东海岸生态监控区内的珊瑚礁、海草床生态系统，雷州半岛西南沿岸生态监控区珊瑚礁生态系统，广西北海生态监控区内的珊瑚礁、海草床及红树林生态系统以及北仑河口红树林生态系统健康状况良好。

２００５年，我国首次建立西沙群岛生态监控区，并对永兴岛、石岛、北岛、西沙洲及赵述岛五个珊瑚礁主要分布区的珊瑚礁生态系统进行了监测。结果表明：珊瑚礁分布区的水体透明度高，悬浮物含量低，无机氮和活性磷酸盐含量均符合一类海水水质标准；鱼类、贝类等生物质量良好；珊瑚礁重点分布区活珊瑚盖度高。珊瑚礁鱼类种类丰富，密度较高，平均密度为每平方米２８７尾，主要种类有点带石斑鱼、三斑海猪鱼等。

2006年2月5日