1949年春，在美国加利福尼亚大学斯克里普斯海洋研究所从事海浪研究，即将获得海洋学博士学位的赫崇本，在新中国即将成立之际，毅然决定放弃海洋学博士学位和在美国优越的工作条件，辗转回到中国。

作为著名物理海洋学家，赫崇本积极推动并促成了中国海洋综合调查，有效解决了调查方法、调查资料的准确度和调查规范等关键问题，推动了中国海洋科学基础性工作的发展；他开创并推进我国对海洋学基本问题之一 “水团”的研究，对黄海冷水团形成机制的研究成果是我国海洋科学中最经典的发现，其专著 《中国近海水系》成为重要的海洋经典文献之一。

作为海洋科学教育家，赫崇本开创了中国海洋科学教育事业，特别是物理海洋科学与海洋气象科学教育，培养了一大批优秀的海洋人才。

作为新中国海洋事业的开拓者、中国海洋科学事业决策的主要咨询人和主要推动者之一，赫崇本参与制定了国家1956年~1967年的12年科学技术发展规划、1962年国家10年海洋科学研究规划和1977年国家海洋科学规划。他参与领导了1958年~1961年的中国海洋综合调查，基本查清了我国近海的自然环境与资源状况。