可以比照农作物种业，成立一个水产种质资源保护专业委员会，或将现有的相关机构职能进行扩展，并提高对水产种质资源的重视程度和话语权。赋予委员会种质资源保护相关职能，如承担水产种质遗传资源保护和利用规划论证、相关遗传资源保护的咨询工作，发布相关国家水产遗传资源状况的报告等。由于水产品数量众多，可以分大类成立专业委员会。分类探讨种质资源保护顶层设计。针对那些有重大遗传价值和市场前景的优质资源品种，可以专门制定相对完备的长远发展规划，并在种质资源库（圃、场、区）的用地和资金等方面制定完善的保障措施。

水产种质资源除了经济价值，还有广阔的遗传价值，也是未来品种优化的依据，须应保尽保。保护的前提是做好调查、收集、鉴定和登记整理工作。我国在国家层面组织的首次水产种质资源大型普查调查方案即将出台，活动即将展开。首先，应借鉴其它种业已有的方案，结合水产种质资源的特点，研究制定调查方案。可以从重要水产种质资源入手，或者先从原良种场和种业企业等拥有水产种质资源的单位入手，逐步完善水产种质资源库。其次，应提前设计基于普查工作的收集、鉴定、登记和保存的工作方案。可以参考农作物种业和畜禽种业，制定相应的程序、标准、编目方法和保存方式等，使其程序化和规范化，以利今后顺利开展物质遗传和经济价值的发掘工作。第三，建立水产种质资源的开发利用情况的定期上报制度，或者先针对主养品种开展定期上报制度。在这些工作中，要积极借助数字化技术，搭建相关平台和信息中心，构建或完善种质资源库。此外，水产种质资源保护工作要积极引导企业参与。

在新品种审定上，可以考虑参照农作物种业及其体制改革深化方向，在申请资格、品种试验、退出机制和监督管理等方面提高标准，根据现代种业发展和水产养殖业绿色发展对良种品质的需求，完善水产新品种审定办法或出台相关的指导意见，提出更科学规范的审定程序和标准，确保遴选出性状更为优秀和稳定的新品种，并建立品种退出机制和后期的追溯机制。其次，应该构建完备的水产种业知识产权保护体系。可以参照国内外相关种业新品种产权规定，对水产新品种权利的形成、拥有与转让出台专门的制度规范，赋予相关单位、企业和个人在所有权、使用权和处置权方面的合法权利，切实保护品种的选育者、生产者、经营者和使用者的合法权益，以及他们创新和研发的积极性，尤其要借此鼓励水产种业企业积极参与应用性研究和竞争性研究。

当前水产种业企业尚不具备独立研发的能力，必须借助既有科研院校的技术实力。要做大做强，需要政策、资金、技术、人才和装备条件的支持。这需要充分发挥政府的政策、资源和信息优势，构建稳定可靠的政策支持体系，引导和鼓励种质资源拥有者、育种技术拥有者和投资者等多方合作，形成新品种研发的创新合作和利益分享机制。如长沙市为建设“种业硅谷”，出台了21条政策，从科技、人才、用地和融资等方面给予大力支持。我国可以采取以大项目带动新品种研发的方式，整合资源，联合攻关。确定符合种业市场发展方向的大项目，以系统工程的思路将项目目标分解落实到基础研究、育繁推各环节，鼓励优势力量尤其是优质企业的参与。应特别强调科研人才流动机制改革，给予人才在国内科研机构和企业间更为宽松的流动自由。允许科研单位的科技人才到种业企业兼职和获取合法收入，促进人才向创新型种业企业流动，一方面加快科研成果的商业化，另一方面协助企业尽快成长。

借鉴农作物种业，提高水产种业生产企业的进入门槛，对注册资金、技术能力提出更高要求，淘汰整合一批落后产能。对于企业多、小、散，并购整合是趋势，鼓励全产业链及跨地区合作。发达国家十分重视优质种子的生产和管理，强调种子生产技术的规范化和标准化。国内其他种业中的标签管理、种苗认证、质量追溯和责任机制等也值得借鉴。中国水产种业可以从水产种苗生产实践出发，基于科学实验经验，对优良品种和种苗的特性、生产加工、质量、检验方法及种苗包装、运输、储藏等方面做出科学明确的技术规定，制定一系列可行的技术标准，实现制繁种、育种的专业化和标准化。还应建立严格的商品种苗生产标准和上市标准。

加强苗种许可制度的执行和监管力度，坚决打击无证苗种生产和经营，为优质种业企业做大做强创造好的市场环境。构建进口种苗的预警机制，严格控制进口苗种质量，做好水产苗种进口质量安全防范。水产行业市场开放比较充分，但是规范性有待加强。政府应营造一个更为公平、流动和激励的市场竞争环境，鼓励企业通过资金与技术入股，优化资源配置，组建跨地区、跨行业的股份制种子企业集团。通过政策支持，鼓励企业运用现代管理理念、新技术、新设备、新品种和新方法等去拓展国内国际市场。目前，我国将开始新一轮的种子工程，在完善创新成果评价和转化机制的前提下，通过政策倾斜，鼓励更多的科技资源（包括人才）流向有实力的大型种业企业。

数字化和智能化技术在育种管理中有着非常巨大的潜力，也是生物种业现代化的发展趋势之一。2020年10月第三期岳麓山种业创新论坛就提出了“集成BT+DT构建种业超算大平台”的构想。目前已经有一些公司开发出相关技术运用于农业种业，如种子监测、测产和考种；植物生长过程监测；在线监测预警等。对育种人员而言，繁琐的数据检测、监测和记录过程极其耗费精力。水产育种企业可以与拥有智能化技术的高科技公司合作，借助智能技术，处理数据测量、传输和保存等重复繁琐的工作。可以无害监测和预警，将育种科研人员从中解放出来，从事更有价值的研究工作。种业企业还可借互联网技术建立电子商务营销渠道，简化营销流程，还可避免侵权销售等现象的发生，有利于现代种业的公平竞争。