自20世纪90年代以来, 全球海洋捕捞年产量稳定在8000万t左右, 即每年从自然水域获取近8000万t的经济生物, 其中2018年产量较高的单一种类如秘鲁鳀、阿拉斯加狭鳕、鲣等年产量分别为700万t、340万t、320万t。大量水生生物被开发利用, 直接导致天然水域中的被开发生物种群生物量、种群结构发生改变。据FAO《2020年世界渔业与水产养殖状况年度报告》, 全球被开发种群生物量处于可持续利用水平以下的比例由1974的10%增长至2017年的34%, 秘鲁鳀、狭鳕、大西洋鲱、大西洋鳕、太平洋鲐等全球年产量最大的10种鱼类有近31%的种群资源被过度开发; 西北非沿海自1960~2000年间鱼类生物量持续下降; 中国东海大黄鱼资源在经历大规模开发利用之后, 资源濒临枯竭; 种群结构出现低龄化、个体小型化趋势。被开发生物生物量、种群结构的改变, 也进一步影响食物链中关联生物, 造成关联生物的生物量波动, 发生如顶级捕食者生物量显著下降、水母爆发等现象, 导致生态系统简化、生物多样性降低, 从而影响生态系统稳定。

兼捕和抛弃是海洋捕捞中较突出的问题, 普遍存在于各种作业方式中, 即使是兼捕率较低的钓、笼壶等作业方式。渔民为了满足渔业管理限制(如捕捞限额、最小可捕规格等)和追求利益最大化, 通常在生产过程中将经济价值较低或不符合管理规定的兼捕渔获直接抛弃。据FAO统计数据,2010~2014 年间, 全球年均海洋捕捞抛弃渔获量约 910万t, 约占全球海洋年捕捞产量的10.8%。不同作业方式中, 底拖网渔业年抛弃量最大, 约为420万t, 占总抛弃渔获量的46%。抛弃渔获量最大的区域为西北太平洋和东北大西洋,2个区域年抛弃渔获占全球总抛弃渔获量的39%。 抛弃渔获中通常以低经济价值鱼和幼鱼为主, 大量的抛弃渔获不仅导致渔业资源浪费, 而且严重地影响到经济鱼类资源补充、生态系统的生物多样性, 不利于渔业可持续发展。另外海洋捕捞每年还导致近百万只海鸟、850万只海龟、65万只哺乳动物、1000万条鲨鱼等濒危保护物种被兼捕至死, 直接危及生态系统稳定。

底拖网作业是海洋捕捞中对水生环境影响最大的作业方式, 也是应用最广泛、捕捞效率最高的作业方式之一, 在全球海洋捕捞年产量中占比达23%。底拖网作业广泛分布于沿海大陆架、河口、海湾等浅水区域, 这些区域也是大部分鱼类、无脊椎动物、水生植物的主要栖息地, 是海洋中生物分布最密集的区域。底拖网作业过程中利用网板和下纲的沉力嵌入或紧贴海底, 通过拖曳产生机械刺激, 以提高对底栖鱼类、甲壳类等种类的捕捞效率。激烈的机械刺激也使得原有的栖息环境遭到严重破坏, 附着生物被直接伤害致死或被拖离原栖息地,造成大量附着生物死亡,原有生境遭到严重破坏; 海底沟壑被逐渐抹平, 驱动海底地形改变; 拖曳扰动底泥形成悬浮物,造成水质污染; 重复的往返拖曳使得底栖生境进一步恶化, 甚至呈现荒漠化趋势。生境的破坏势必危及栖息生物的生存和繁衍。

合成纤维材料在促进当代海洋捕捞发展中起着重要作用, 但随着合成纤维材料的广泛应用,  废弃渔具不断增多, 引起的环境问题日益受到国际社会的关注。废弃渔具指的是被直接抛弃、遗失或放弃于沿岸陆地、滩涂或海洋中的渔具(ALDFG)。 据FAO估计, 目前全球每年有将近64万t废弃渔具进入海洋。合成纤维材料渔具在自然界通常 需要数百年的时间才能降解, 因此废弃渔具降解前仍具有捕捞能力(即幽灵捕捞), 幽灵捕捞导致大量的鱼类、哺乳动物、海龟等生物因缠绕、刺挂等方式被捕致死, 据FAO估计46%的海洋濒危生物受到幽灵捕捞的影响。废弃渔具还可能导致底栖环境破坏、影响海洋航行安全等。废弃渔具在海洋中逐渐降解成塑料绳、纤维段、塑料颗粒、微粒, 造成海洋水体塑料污染。据FAO估计废弃渔具贡献了近10%的全球海洋塑料污染。塑料段或微粒悬浮于海洋, 被浮游生物吸附或误食进入生态系统食物链, 对海洋生态系统甚至人类健康造成了严重负面影响。。

在全球变暖的趋势背景下, 全球大部分海域表层海水和淡水水温呈上升趋势, 研究表明1900~2016年全球水温平均每百年上升0.7℃, 其中 北大西洋升温尤为明显。海洋水温的升高也导致北极海冰融化加剧, 据观测北极年均海冰覆盖面积正逐年下降, 大量海冰融化使得全球海平面逐年上升。大气中CO₂浓度升高, 也促进了水体对CO₂吸收, 使得水体pH下降, 引起水体酸化, 水温越低的极地海域 CO₂ 的吸收越剧烈, 水体酸化越严重。溶氧是水生环境重要的组成部分, 研究表明自1960年以来近海水体溶氧呈下降趋势,  近数十年来热带海洋低氧区面积不断扩展, 低氧区的扩展可能与水温升高和海流交换减弱相关。 经向翻转环流是低纬度水域与高纬度水域热交换、固碳隔离的主要驱动因子, 近年的研究表明经向翻转环流正逐渐减弱。海流交换减弱使得海洋的气候调节能力下降, 出现局部海域异常高温或低温、风暴、极端天气等现象的概率增加, 甚至引起自然灾害。海洋环境变化势必对海洋生物产生重要影响, 低纬度海域表层(0~700m)水温升高, 将促使海洋生物分布趋于极地化或更深水层, 研究表明部分海洋生物分布范围正以每10年72km的速度向北极扩展, 这种趋势与生物对水温或栖息地偏好一致。海洋生物分布极地化趋势将导致热带、亚极地、半封闭海等海域生物多样性和丰度降低, 研究预测, 至2100年热带海域初级生产力将下降11%; 同时高纬度的海域发生生物入侵现象, 从而引起生态系统结构、功能改变; 而海洋酸化将对自然界中的钙化生物产生致命影响, 如虾、蟹、珊瑚虫等。

2018 年全球 50%的捕捞产量源自中国、秘鲁、印度尼西亚、俄罗斯、美国等捕捞年产量居前7位的国家; 全球456万艘渔船中, 68%渔船分布于亚洲, 20%分布于非洲; 亚洲和非洲也是非机动渔船数量最大的2个洲; 而欧洲机动渔船的比例高达99%, 居全球各洲之首; 不同区域之间海洋捕捞的发展差异明显。另外大部分发达国家基于长期的发展积累和系统的科学研究, 在辖区建立了较完善的管理制度、执法体系和配套的社会基础, 相反发展中国家在海洋捕捞管理、渔船装备、基础技术研究、社会基础能力建设等方面明显落后于发达国家。20世纪90年代以后, 发达国家为了促进其EEZ渔业资源的可持续利用, 且满足国内经济发展和消费需求, 开始严格控制其EEZ的捕捞配额和不断减少捕捞投入, 并将捕捞压力转移至非洲沿海、拉丁美洲等发展中国家和地区, 而发展中国家受制于经济发展、粮食安全等因素的影响, 通过出售捕捞许可、联合开发等方式与发达国家开展渔业合作, 致使发展中国家EEZ的捕捞努力量近年来呈不断上升趋势,最终导致2类区域的海洋捕捞走向截然不同的发展方向, 发达国家捕捞年产量跌至峰值的50%,  但单位捕捞努力量产量(CPUE)趋于平稳或有所增加, 资源养护效果明显, 而发展中国家捕捞年产量逐年上升, 但CPUE呈不断下降趋势, 被过度开发的渔业种类比例增加, 资源衰退的趋势明显。长此以往发展中国家与发达国家海洋捕捞的发展差距将进一步增大, 并将加剧发展中国家海域海洋生态系统破坏。