媽祖出生的因緣，依一般的主流傳說認為：媽祖的父母平時樂善好施，因此地方上人人稱之「林善人」，而不稱他的姓名林愿（或稱惟愨）。林善人衣食無缺，但一直心中覺得有些遺憾，原來林家共有一男五女，林愿已四十餘歲，但是只有一個兒子名叫洪毅，林愿夫婦認為只有一個兒子，顯得門庭過於單弱，因此希望老天能再賜一個兒子給他們。

林愿夫妻選定黃道吉日，在自家門前擺上香案向她們所篤信的觀世音菩薩祈求，希望觀音能再賜佳兒。說也奇怪，當夜林妻王氏夢到觀音賜給她一顆藥丸，她吃了藥丸之後，不久即發現懷有身孕。因此林家都認為觀音送子到林家了，對於這個未出生的孩子充滿期待。

宋太祖建隆元年（西元九六 0年）農曆三月二十三日，林家屋內紅光普照，同時不斷飄散著香氣，眾人才覺得不尋常之際，林夫人就生下一個女娃兒，紅冬冬的，看起來很聰慧、柔美，鄰居恭賀、讚美聲不斷，但是林善人心中卻隱隱的有些失望，心想若是男孩那才叫完美。

可說也奇怪，這女娃兒除了柔美之外，出生一個多月也聽不見她啼哭，林善人心想，也許她果真與眾不同，將成就不輸偉男子的大事業呢？林善人納悶著，也想著望女成鳳的美夢，就以她不凡的出生景象來叫她，因此這個千餘年來，人們最敬愛的女子即命名為：林默，一般喚為默娘。

由於媽祖降生在人間，名稱：林默。至今，在臺灣或大陸之部分林姓人家，甚至編纂林氏族譜之時，也將媽祖列入，稱「祖姑」。此種林氏族譜追溯至唐朝，當時林氏族人九人居官，稱「九牧林」，而林默娘的父親即是世代為官之林姓族人之一支，在世時擔任與海有關的「都巡檢」一職，是以在福建莆田縣湄洲嶼對岸有一小鎮叫里港忠門里（或稱賢良港），鎮內建有「天后祖祠」，是林姓族人祭祖之處，祭祖是春、秋二季之大事，日期就訂在農曆三月二十三日及九月初九日，這兩個日子，分別是媽祖誕辰與成道日，由此可見林姓族人對於媽祖之重視。同時在供奉的順位上儼然就是媽祖廟，因為正殿供奉媽祖，後殿方是供奉林默娘的父母及林姓列祖列宗之神位，因此港里（舊稱黃螺港）現今被視為媽祖的故鄉，而「天后祖祠」與湄洲島上「天后宮」（一般稱湄洲祖廟）同為現今媽祖信徒朝拜的聖地。