西门岛海洋特别保护区是浙江省首个海洋特别保护区，岛上滩涂湿地总面积为2.8万亩，有缢蛏、泥蚶、彩虹明樱蛤、珠带拟蟹守螺等近百种生物。乐清湾滩涂湿地（包括西门岛滨海湿地）被国际鸟类保护联盟列为重要鸟区，拥有世界级濒危鸟类黑嘴鸥、黑脸琵鹭、国家二级保护动物黄嘴白鹭、斑嘴鹈鹕以及大量湿地水鸟。国际鸟类保护联盟把乐清湾滩涂湿地、瓯江口温州湾滩涂湿地和鳌江——飞云江间沿岸湿地列为重要湿地鸟区。世界自然基金会也非常关注温州沿海滩涂湿地的保护工作，并把首批中国珍稀物种保护小型基金的一部分，用于温州沿海黑嘴鸥越冬种群与栖息湿地的保护。

西门岛的红树林区，是目前全国最北端的一片红树林，也是浙江省为数很少的海岛红树林种植区。乐清湾红树林是由人工引种而成。自1957年西门岛渔民先后从福建省引种红树林122株后，成活率和保存率均较高，经二三十年后自然繁殖至第二代、第三代，数量达数千株，面积曾扩大到150亩。但是，几十年过去后，由于种种原因，昔日优美的海洋森林红树林，仅剩西北一隅约3亩。直到近两年来，红树林的价值才逐渐为较多人所认识。从2001年开始，通过人工栽种，分布在西门岛的红树林已增加到400多亩。

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