在很久很久以前，离美丽的厦门不远的地方，有一个小岛。这个小岛的形状就像浮在海面上的一条大鳄鱼，一端是头部，似张着血分大口，龇牙咧嘴，面目狰狞，另一端就像鳄鱼长而有力的尾巴。根据它的形状，人们把它叫做鳄鱼屿。有一天，它成了精，能张口吃人了，而且每年要吃掉一个同安人，所以这个岛上再也无人敢住。有一位１２岁的英俊少年，自愿出任这个县的县令。他让人用石头在岛上修建了一座寺庙，并命令人们把鳄鱼岛的头部凿穿。凿穿后，洞口里血流不止，从此鳄鱼再也不吃人了。但后来在海里发现了一种小鱼似的动物，说是鳄鱼屿尸体所变的，所以叫它鳄鱼虫。当然上面讲的只是一个神话传说，其实这里说的鳄鱼虫就是文昌鱼。据记载，文昌鱼最早是在福建的郡城文昌阁前方的海水里发现的，因此而得名。文昌鱼最早即１７７４年是德国科学家佩拉斯发现的，认为它是一种软体动物，１８３６年英国耶尼尔把它称作两头类，１９３２年科学家博瑞将它定名为鳃口类。还有人说，文昌二字起源于“文昌帝君”，说是文昌诞辰之日才有的，所以叫文昌鱼。但实际上，除厦门地区外，后来在青岛、烟台乃至世界上其他地方陆续发现了文昌鱼。另外，文昌鱼的种类也不是仅此一种，全世界有１２种之多。
文昌鱼其实并不是真正的鱼。它似鱼而非鱼，像蠕虫又不是蠕虫，两头尖尖，身体左右侧扁，样子就像一把外科用的手术刀，长不过６０毫米，全身透明，喜欢生活在浅海有着贝壳碎片或棘皮动物碎片的、粗而松的沙子里，爱吃叫作硅藻的单细胞藻类。它们不善于游泳，有时钻出沙来，借身体的左右摆动，游到另一个地方，迅速外进沙里，然后将头露出来，从水里过滤食物吃。
高等动物包括鱼、龟、鸟、兽甚至我们人类，身体背部都有一条纵贯全身的脊梁骨，科学上称作脊柱。脊柱是由一节节的脊椎骨相边而成的。有脊椎骨的动物就叫作脊椎动物，尚没有脊椎骨的动物如对虾、贝类、蚯蚓、蝴蝶等，往往称作无脊椎动物。在生物进化史上，脊椎动物是由无脊椎动物逐渐发展而来的，但脊椎骨并不是一步而成的：首先发展到有脊索，再由脊壳慢慢骨化发展而成脊椎。脊索就是一条支持结构，像一根棍棒一样支撑着全身，当然它能弯曲，很有弹性。凡在脊索的动物就称作脊索动物。文昌鱼恰好就有这么一条纵贯全身的脊索，甚至向前延伸到最前端，达到相当于脊椎动物头部的地方（文昌鱼还没有真正的头部），所以科学上就把文昌鱼叫作头索动物。
这样看来，文昌鱼代表着由无脊椎动物发展到脊椎动物的过滤类型，起着承上启下的作用。所以，文昌鱼虽小，但它是世界上的稀有动物，对研究生物进化有着重要的意义。文昌鱼被发现以后，立即受到了科学家的重视，达尔文曾说，文昌鱼的研究是“伟大的发现，它提供了指示脊椎动物起源的钥匙”。
文昌鱼还是名贵海味佳品，并享誉世界。在３００年前，仅厦门地区文昌鱼的最高年产即达２８２吨，在２０世纪４０－５０年代能生产５０－１００吨。由于大家争相捕捞，到６０年代每年只能捕到三四吨，７０年代就根本形不成渔业了。为此，在我国已将文昌鱼列为一类保护动物。
从文昌鱼的特征可以看出它是脊椎动物的祖先。