2011年6月30日，国务院同意批复设立浙江舟山群岛新区，成为我国首个以海洋经济为主题的国家战略层面新区。为不断增强海洋经济发展的科技支撑，浙江舟山群岛新区于2013年8月正式审议通过了《中国(舟山)海洋科学城建设实施方案》，决定建设中国(舟山)海洋科学城。

中国(舟山)海洋科学城作为浙江舟山群岛新区发展的科技引擎，旨在集聚海洋科技创新资源，培养涉海科研技术人才，支撑新区传统产业转型和新兴产业发展。重点围绕船舶及海工装备设计研发、海洋生物技术、海水淡化、北斗海洋应用、海洋大数据与云计算等进行应用示范和产业孵化；重点发展海洋科技金融、海事服务、海洋电子商务、海洋文化创意、海洋检测认证服务等服务业。

2014年以来，科学城积极开展国内外合作，向外拓展招商渠道，发展势头良好，成果显著。网易舟山研发中心、舟山北斗海洋应用示范基地、国海舟山海洋科技研发基地、赛丽正宏文创广场、新加坡Bizplus Plaza高知产业园、浙江省海洋地质调查与勘探项目等一批重大项目签约落户，涉及海洋电子信息、移动互联网、文化创意、海洋地质环境勘探、科技孵化等领域。

截至目前，已有98家科技型企业和机构入驻科学城，引进海外领军人才项目14个，与加拿大、美国、俄罗斯、德国、芬兰、挪威、乌克兰、日本等多个国家使领馆建立友好合作关系。如浙江清华长三角研究院和日本AGUA商事株式会社将在科学城设立合资公司，研发、生产、销售世界领先的DENBA水产品加工保鲜设备；舟山市声达海洋信息技术有限公司与加拿大eSonar公司建立正式合作……