三亚港现有港区位于三亚市区，是一个集货运、渔业、客运为一体的综合性港口。近年随着航运、旅游和渔业的发展，停靠在三亚港的船舶越来越多，但由于地处三亚市区，三亚港港口陆域面积狭小，各种生产相互干扰。

为了解决港口与经济发展、对外贸易相互制约的矛盾，三亚市政府在2005年12月启动“三港分离”工程，投资3亿元修建南山货运港一期工程。经过3年的建设，目前南山货运港主体工程已经接近尾声，预计2009年3月将会正式开港。

三亚市港务局副总经理周壮介绍，南山港货运港位于崖州湾内，背靠崖城，东依南山岭，陆路距三亚市40余公里。南山港货运港区一期工程已建2万吨级综合泊位1个及相应配套设施，码头长度为260米，一期工程设计年吞吐能力65万吨。周壮表示，南山货运港开港后，不仅会巩固三亚作为海南南部海运物流中心的地位，同时还会对台湾、东南亚等地区的对外贸易起到促进作用。由于该港是我国距离西、中、南沙群岛最近的港口，距离上的优势也将使南山货运港成为南海油气资源开发后勤支援和下游产品加工基地。

“三港分离”后渔港将搬迁到三亚保港，目前保港渔港的设计规划正在进行，渔港的部分区域已经进入征地阶段。根据三亚的城市发展战略目标，新渔港的建设将彻底改变三亚港现有港区的落后面貌，将极大推动三亚及周边地区海洋渔业经济的发展。新渔港建成后将辐射南海200万平方公里海域，成为中国最南端规模最大的渔港、南中国海渔业加工基地和现代化水产品卫星城。

周壮表示，“三港分离”后，三亚港现有港区的客运任务将被分流成两部分，一部分流到现在的凤凰岛客运码头，主要承担海南东部旅游圈游客以及出入境邮轮的停靠；另一部分分流到南山货运港区，承担着海南西部旅游圈的游客及部分邮轮的停靠，港口将会被改造成小型游艇码头，成为国内外时尚人士的聚集地。