鹿港新祖宫建于清乾隆五十三年（公元1788年），由嘉勇公福康安奉诏拨帑敕建。为有别于湄洲祖庙称“新天后宫”。本地民间为有别于旧祖宫，俗称“新祖宫”。

该庙因系乾隆敕建，建筑格局仿宫殿。殿之两厢设置文武朝房以为文武官员行香时休息之用。四周砌石墙，门外立“文官下轿、武官下马”之御敕石碑。惜此碑在日据时代因我传统文化宗教抵触日本殖民当局“皇民化”政策，而遭破坏失落。