2012年当年，南海区共完成约2300个监测站位的现场监测工作，获得各类海洋环境监测数据90余万个。数据显示，南海区海水环境和沉积物环境状况总体良好。海洋倾倒活动基本未对周边海域环境敏感目标及其他海上活动造成影响。

2012年，南海海洋油气开发活动未对邻近海域海洋功能造成明显影响。大部分涉海工程周边海域环境状况符合所在海域环境保护要求。国家级海洋保护区环境质量基本良好，主要保护对象基本稳定。海水浴场和滨海旅游度假区的娱乐用海水入侵、土壤盐渍化和海岸侵蚀状况基本稳定。大亚湾核电站海水、沉积物和海洋生物中放射性核素基本保持本底水平。日本福岛核泄漏事故尚未对南海区海洋环境造成影响。

近岸海域水体污染、生态受损、灾害多发等环境问题依然突出。其中近岸海域劣于第四类海水水质标准的海域面积达4300平方公里，较2011年增幅高达54.7%。60%实施监测的南海区近岸典型生态系统处于亚健康状态。这主要是珠江沿岸接纳了大量工业、农业和生活污水。由珠江八大口门径流携带入海的化学需氧量，石油类等化学总量是66.33万吨。国家海洋局南海分局高级工程师张春超：

张纯超：整个南海区劣四类的海水主要是集中在了珠江口，主要污染物是无机氮，活性磷酸盐和石油类，根据近五年的监测结果，珠江口海域劣四类水质未见明显改善。

张纯超同时表示，珠江口工业排污长期不达标，农业氮磷的大量排放，以及市政污水，是珠江口海域水质长期处于劣四类水质的主因。

张纯超：化肥和农药的使用量还是非常大的。他们进入河流的方式主要是降水、地表径流，直接将这部分氮磷等营养物质带入到珠江流域，然后进入到珠江口海域，这部分的比例还是非常大的。目前珠江口的排污达标率一般坚持在60%左右……
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