赤潮是海洋受到污染造成的恶果，有越来越严重的趋势。如渤海从20世纪70年代后出现赤潮，近年来发生频率在逐渐加快，危害也愈来愈大。那么，赤潮有哪些主要危害呢？

首先是危害海洋渔业资源和生产。日本濑户内海在1967～1991年共发生4448次赤潮，其中危害渔业生产的占1/10，也就是说在10次赤潮中有一次可造成渔业生产危害。1993年夏季，我国沿海数以千计的对虾养殖场，均遭到不同程度虾病的危害，很多养殖场所的对虾全部绝收，这是我国近十几年养殖历史上罕见的灾害，经调查分析导致对虾养殖减产的罪魁祸首就是赤潮灾害。

其次是某些赤潮生物通过一些海产品的积累、传递，进而危害人体的健康。世界上很多沿海居民，因吃了遭受赤潮污染过的海产品而中毒。1986年12月1日，福建省东山县一些居民因食用赤潮发生区里的花蛤，造成136人中毒、1人死亡的事故，经分析化验发现花蛤消化系统内均存有大量裸甲藻。这种藻是赤潮生物中有毒藻类的一种，其分泌出的甲藻毒素比箭毒高150倍，对人体中枢和外围神经产生扰乱作用，严重者昏迷、休克，甚至死亡。

再次是海域里一旦发生赤潮，会给海洋环境造成新的污染。赤潮生物的残骸，在海水中氧化分解，可以消耗水中的大量溶解氧，造成缺氧环境，加速一些厌氧微生物继续分解赤潮生物的残骸，产生大量硫化氢等气体，使海水形成臭恶化环境。

赤潮灾害除亚洲国家沿海频发外，在北美洲、南美洲、印度洋、欧洲地中海地区的一些国家近海，也时常出现，可见赤潮已成为全球性的一种海洋灾害。

近来无数事例证实，赤潮在全世界迅速发生，除污染造成的水体富营养化以外，与每天来往世界各大港口数以万计的远洋商船携带的压舱水，以及难以计数的渔船从其渔网或铁锚上附属的赤潮生物有着密切关系。

据德国一位科学家统计，每天用来给空船压载的水里含有3000多种生物，其中赤潮生物的含量占有一定比例。当这些船只在港口装上货物排卸压舱水时，各种生物体也就最终被排入异地海域里。遇有合适的环境，这些外来赤潮生物就会定居下来，造成赤潮。

现已发现，法国地中海的某些赤潮藻类来自千里以外的摩洛哥。经一位法国科学家考证，1984年在摩洛哥海洋博物馆悬崖下海水中，首次发现这种赤潮海藻，原来是博物馆人员在清洗馆内展出水槽时不慎倒人大海的。这种赤潮海藻繁殖极快，当它附着在铁锚或渔网上时，可以迅速生长，从表层一直延伸至50米水深处。为治理这种海藻，法国和西班牙等国20余家研究机构共同研究出一种治理方法，总共需要投资数千万美元，才能得到初步控制。一些航海管理部门受到外界的指责，也对处理压舱水提出了许多方案。有的提出采用过滤压舱水的办法清除异地生物，澳大利亚还企图通过加热来杀灭压舱水里的外来生物，但这些措施均需要大量投资，对大多数商船来说，无疑是一笔额外的负担，很难行得通。目前，国际海事组织建议在船只远离港口的公海上，将压舱水卸除掉，尽管这样会给船只带来一定危险，但这不失为一种有效可行的方法。