为推进广东省908专项的顺利开展，提高专项承担单位的质量意识和责任意识，广东省908专项办于2008年8月下旬至9月上旬对所有项目实施单位进行了一次全面性检查。
本次检查由广东省908专项办组织，成立由国家海洋局南海海洋标准计量中心、省局办公室、省局审计室和省908专项工作小组组成的专门检查组。国家海洋局南海海洋标准计量中心是我省908专项办质量控制的承担单位，负责广东省908专项的质量监督。检查组先后对暨南大学、广东省海洋资源研究发展中心、国家海洋局南海分局和中科院南海所进行了检查。重点检查了各专项具体进展、质量控制、档案、经费使用和资料成果保密工作，对部分项目发放质控考核样。检查组根据检查情况对各个单位提出了整改意见，并下发整改通知，要求限期整改。
检查工作得到了省海洋与渔业局的高度重视。李建设副局长亲自带领检查组对部分重点承担单位进行了检查，并对项目承担单位提出了明确要求，着重加快项目进度，全力以赴准备年底的资料汇交，顺利通过国家海洋局908专项办的审查。