在我国海洋科学研究的历史上，有“三次浪潮”席卷全国：第一次浪潮是上世纪60年代以来，以海带养殖为代表的海洋藻类养殖浪潮；第二次浪潮是80年代以来，以对虾养殖为代表的海洋虾类养殖浪潮；第三次浪潮是海湾扇贝人工养殖。引领第二次浪潮的，正是海洋研究所刘瑞玉院士。

在我国海洋底栖生物生态研究领域，刘瑞玉是当之无愧的奠基人之一。他组织完成了多项国家、国际重要海洋学及生物资源调查研究，甲壳动物分类区系和虾类增养殖研究项目。他全面总结、阐述了中国海洋底栖生物群落结构、生态特点，特别是区系组成与生物地理学特点，填补了国内甲壳动物几个类群的空白。他首次发现黄海深水区冷水性动物群落占绝对优势，浅水区夏秋高温季节成为一些暖水种向北方扩布的 “走廊”，形成独特分布格局和资源优势。他组织完成国家重大项目和山东省海岸带资源综合调查，提出全面开发方案，促进了海水养殖产业的发展，完成长江三峡工程对河口生态环境及资源影响预测研究，为工程论证提供重要依据。