日本海洋环境治理与海洋环境保护走过了一段曲折的过程。战后50年代至60年代初的日本，将复兴经济摆在了优先位置。由于片面发展经济，环保意识薄弱，使得以工业集中的地区为中心，出现了直接危害人体健康、影响正常生活的海洋环境公害污染，在一些地方出现了“水俣病”、“骨痛症”等。
以上述污染问题处理为契机，为保护大气、水质，日本政府于1958年制定了《公共水域水质保全法》和《工厂排污规制法》，正式拉开了日本全国性治理海洋污染的序幕。
20世纪60～70年代，日本先后出台了《水质污染防治法》、《海洋污染防治法》和《自然环境保护法》等一系列环保法律，基本形成了海洋环境法规体系，为治理海洋问题打下了良好的法律基础。与此同时，日本还不断加强海洋环境管理体制，在特定事业所设立了“防治公害专职管理者”。
随着各项相关法令的制定、海洋环境管理体制的不断完善，以及企业大规模环保设备投资等努力，海洋环境治理初见成效。到20世纪70年代后期，海洋污染问题趋于解决。日本政府在解决海洋环境问题的过程中，主要采取两种办法：
一是对于企业不能采取强制措施，要求企业达到什么标准，更不能直接下达治理指标，而是通过公布全社会污染控制总目标引导企业进行环保，同时通过市场行为，也就是能源价格等调控企业环保行为，减少海洋环境污染。海洋工业污染主要是工厂排放废气废水废渣等，解决措施主要是通过各种法律和经济措施解决，要求工厂减少排放，否则处以罚款，而对于工厂在海洋环保科研、设备方面的投入，政府给以一定的补贴，企业根据生产情况提出环保课题，并且由企业组织科研人员，包括院校、社会科研单位的人员研究解决。
二是政府在市场上推出绿色环境标志制度。鼓励消费者购买环保产品，而没有绿色环境保护标志的产品，在市场上就得不到市民的认可。在日本，一个企业如果对环保无动于衷，消费者就不会满意，市场就会淘汰其产品。也就是说，环保不仅是政府的要求，也是市场的要求。
通过这种“两头堵”的办法，政府与老百姓共同努力，迫使企业向环保方向努力，日本海洋污染在20世纪60-70年代逐步加以解决，到80年代已基本得到有效控制。
为应对传统能源危机，日本在大力加强氢能、生物质能等新能源的开发研究，努力实现21世纪以生物质能利用为基础的新发展，实现能源消费从地下化石能源向地上生物能源的转化，实现循环发展。