大菱鲆工厂化人工养殖，养殖密度较高，抓好养殖期疾病的防治十分重要。由于大菱鲆养殖密度较高，在养殖环境因子发生变化时极易引起应激反应，容易造成鱼体抵抗力下降，从而诱发疾病。所以，应经常检查鱼体健康情况，发现发病征兆时要及时诊断，找出致病原因，采取相应措施，尽快纠正养殖工艺或对症下药，将疾病消灭在萌芽状态之中。切忌拖延处理或盲目用药，进而错过疾病的最佳治疗时机，使疾病大规模暴发，造成严重的经济损失。
秋冬季大菱鲆的主要疾病可分为三大类：病毒类疾病、细菌类疾病、寄生虫类疾病。
一、病毒类疾病
病毒性红体病
病原：大菱鲆红体病虹彩病毒。病毒在大菱鲆鱼体的肾、脾、肠的细胞质中装配并以出芽方式释放，被病毒感染的细胞多表现为细胞肿大，细胞质均质化，病毒粒子大小甚至一致。
症状：病鱼摄食量明显下降甚至不摄食，活力弱，呼吸缓慢，离群分散伏卧于池的边上，或浮于水面缓缓盘旋游动，有时在水中狂游。从外观上看体表无明显损伤，只是在鳍基部肌肉组织和脊椎骨沿线组织出现淤血，严重者整个身体呈现皮下弥漫性出血而发红。
通过解剖可以发现：病鱼鳃丝贫血，呈暗灰色；多数病鱼血液稀薄、凝固性差；胃肠壁呈点状出血；肝脏呈淡黄色，有淤血，易啐；胆囊肿大，胆汁颜色变浅，呈淡绿色；脾脏略显肿大，呈暗红色，有时呈纤维化。
流行情况：大菱鲆仔稚鱼、养成鱼、亲鱼均可感染此病。感染初期死亡率较小，但出现明显症状后死亡率迅速增大，属亚急性死亡。该病以秋冬季（8-12月）水温在18℃左右发病率高，流行范围可延伸到整个沿海大菱鲆养殖区域。
防治措施：该病尚无有效的治疗方法，因此，必须坚持以防为主、以治为辅的原则。选用健康苗种和合格的饲料，避免将病毒引入养殖系统，一旦发现病鱼应及时将其隔离。死鱼要掩埋或焚烧，并用漂白粉或高锰酸钾全面消毒。
二、细菌类疾病
1、腹水病
病原：溶藻弧菌、迟钝爱德华菌、鳗弧菌、鲨鱼弧菌和大菱鲆弧菌等均可导致大菱鲆腹水病。
症状：病鱼腹部隆起，打开腹腔后发现肠胃中或腹腔内有大量无色或淡黄色液体；严重时病鱼全身弥散性充血呈暗红色，肛门红肿、有时凸出。发病鱼内脏团各个器官也常常发生病变。如肝脏萎缩，呈土黄色或白色，有时还大量充血；心脏和脾脏变成暗红色。另外，迟钝爱德华菌引起的腹水病具有强烈的恶臭味。
流行情况：此病在大菱鲆的苗期和养成期均可发生，属常见病，死亡率可高达80%以上，常导致大规模死亡。
防治措施：养殖过程中应加强卫生管理，保障养殖用水清洁，选择新鲜无污染饵料，避免投喂不新鲜的杂鱼，定期对养殖车间和工具消毒，及时隔离病鱼以防止相互传染。由于是多种病原能够导致腹水病的发生，因此，应结合药敏试验结果进行针对性治疗。
2、肠炎病
病原：主要是由大菱鲆弧菌和溶藻弧菌感染引起，病原菌能在肠道中大量繁殖，引起消化道发炎而导致发病。
症状：病鱼体色变暗，腹部下凹；不摄食或蚕食后吐出；挤压腹部可见白便从肛门处拖带黏稠的黄白色粪便，发病时池底经常会发现黄白色条状物。
解剖病鱼后可见肠壁发炎，内部有大量稀状或稠状黄白色物质；胆液稀薄呈浅绿色，肝脏明显充血，整个内脏团萎缩。
流行情况：育苗期和养成期都有发生，感染率及死亡率均较高，能引起长期慢性死亡，在养殖生产中发病时，多与腹水病并发。
防治措施：加强吸污和换水，及时清除池底白便和有机污物，保持养殖环境清洁，避免投喂不新鲜饵料。治疗时，使用恶喹酸或土霉素口服和药浴处理。口服量为50-100毫克/千克鱼体重。根据摄食情况，每日投1-2次药饵，连续用5-7天；同时进行药浴治疗，浓度为3-5毫克/升，连续用3天，每天1次，每次3小时以上。
3、脾肾白浊病
病原：迟钝爱德华菌
症状：该病俗称“阴阳鱼”或“两截鱼”，分为急性感染和慢性感染两种情况。
急性感染时，病鱼的下颌、鳃盖、鳍基部以及腹面充血发红。随着病情的发展，在鳍基部、腹部肌肉、肛门附近等部位常出现出血点或出血斑。严重者出血处形成脓状肿起，直至最后破裂而流出大量脓液。解剖发现：病鱼鳃贫血，部分病鱼有腹水；整个肾脏异常肿大并发生多处溃疡性坏死，严重者可合并成大的病灶，整个肾脏呈灰白色；大部分病鱼肝脏弥散性出血，腹腔膜和肠壁也发炎充血；部分病鱼脾脏肿大、失血呈粉红色。
慢性感染的病鱼典型特征是，身体后半部体色发黑，前半部体色基本正常呈现出典型的“两截”现象。发病开始时，病鱼尾端趋黑，接着黑色面积由尾端向头部推进，一般到腹腔部位时病鱼就发生死亡。有的病鱼鳃丝出现白色的膨大结节并发生糜烂；打开腹腔发现肾脏异常膨大而凸出到腹腔中。病变较轻的肾脏表面出现数个灰白色结节；病变较重的整个肾脏发生膨大，质地变硬似干酪状。部分病鱼的脾脏病变表现如同肾脏，有膨大、发白、变硬并伴有肠炎发生。
流行情况：该病常年都有发生。可通过饵料、池水等多种渠道传染，体长10-20厘米的养成期大菱鲆最容易感染。一般情况下，大部分养殖场的病鱼表现为慢性感染，死亡率在10%以下；急性感染时可达到30-40%，甚至90%以上。
防治措施：保持水质清洁，饲料新鲜无污染；一般治疗时，用氟苯尼考10-20毫克/千克鱼体重拌饵口服，每天1次，连续6天；急性感染时，以浓度3-5毫克的氟苯尼考全池泼洒，进行药浴处理，每天1次，每次3小时以上，药浴次数视病情轻重酌情而定。
三、寄生虫病
盾纤毛虫病
病原：主要为蟹栖异阿脑虫，可通过多种途径进入养殖系统而发病。
症状：感染初期，病鱼体表出现白斑、黏液增多；随着病情的发展，病灶处组织出现红肿，有柔软浮肿感；严重时鱼的躯干部皮肤也会出现病灶，直至溃烂、出血。患病鱼一般体色变暗，活力降低，摄食减少，生长期缓慢；在养殖池中散群，时常出现打转游动现象。解剖后，用镜检可以发现有大量的蟹栖异阿脑虫，即可确诊。
流行情况：该病在苗期、养成期和亲鱼期均可发病。此病传染性相当快，发病率也很高，可引起大规模死亡。
防治措施：养殖用水要经过严格过滤或消毒处理，避免虫体随水带入养殖系统；加强吸污和换水等日常管理，清除有机碎屑，以保持池底、水体清洁；保持合理的密度，增加换水量；及时隔离病鱼，销毁死鱼；养殖池和养殖工具定期消毒。轻度感染时，可用甲醛100-150毫克/升药浴，每次30-60分钟，每天1次，连续用3-5天。
另外还有：鞭毛虫病、车轮虫病、隐核虫病等，其病原体都是相应的虫类，防治措施同盾纤毛虫病。