按照国务院和省政府的要求，在省污染源普查办公室的指导下，省厅认真组织实施了全国第一次污染源普查——水产养殖污染源专项普查工作。此次污染源普查厅领导高度重视，主要领导挂帅，分管领导靠上抓，处室单位联动，推动了水产养殖污染源普查工作扎实开展。通过成立专门办公室，制定实施方案，落实经费、搞好培训、强化领导，在各级渔业主管部门的共同努力下，我省于2008年3月20日已全面完成全国污染源水产养殖业清查阶段数据上报工作。
此次清查工作本着清查界限要清楚，清查对象要明确，标准标识要吃透，填表内容要准确，相关内容要反馈，工作质量要保证的原则，旨在查清普查区域范围内各类单位（包括法人单位、产业活动单位一级个体经营户）的基本信息，以确定是否纳入普查、是详细普查还是简要普查，为了合理配备普查指导员和普查员、科学制定普查工作实施方案提供依据。
这次普查，全省共上报普查员和普查指导员1238人，规模化养殖场和符合普查条件的养殖专业户共 17021家。从上报数据看，十六地市中养殖场（户）总量排在前三位的依次是：济南（2705家）、日照（1776家）和东营（1714家）。该数据经核实，准确详实，这为下一步开展水产养殖业污染源普查工作提供了依据。