2006年厦门市海洋环境质量公报近日出炉。公报表明，2006年影响厦门海域海水环境质量的主要化学环境因子仍为无机氮和活性磷酸盐。其中马銮湾、西海域、南部海域、河口区和同安湾的无机氮达到严重污染程度；马銮湾、西海域和同安湾的活性磷酸盐达到严重污染程度；文昌鱼栖息密度降低。

陆源入海排污口及邻近海域环境质量状况有所好转，质量状况改善最好的是东部海域，其次是西海域。厦门海洋功能区的环境质量状况为：海洋珍稀物种国家级自然保护区部分站位无机氮、活性磷酸盐和汞超出四类海水水质要求，沉积环境质量状况良好，浮游植物和浮游动物的多样性指数较高，不过底栖生物多样性指数属于较低水平，文昌鱼的栖息密度和生物量比2005年有所降低；2006年监测表明，前埔－黄厝保护区和南线－十八线保护区文昌鱼平均栖息密度为每平方米78 尾，平均生物量为每平方米2.55克，与2005年相比有所下降。

2006年厦门海域发生4起赤潮事件，均为无毒赤潮，赤潮发生面积比2005年有所扩大，特别在东部海域和同安湾发生了5年来面积最大的一次赤潮，需要重视东部海域生态环境质量的变化趋势。

据悉，在厦门市文昌鱼保护核心区，每年都有数以万计的游客来到这里休闲娱乐和游泳健身，可是在海水退潮时，有许多游客和市民在滩涂上采集贝类，这种活动正在威胁着文昌鱼赖以生存的栖息环境。人为的活动主要是旅游人员的活动，每一个月都有两次的大潮，每个大潮都有5天～6天。潮水退得非常低，可以退到距岸边好几百米。成千上万的人到这里活动，对文昌鱼的影响是非常明显的。另一方面，长期以来，由于采砂、非法捕捞以及沿岸工程施工等活动，也破坏了文昌鱼的栖息环境，导致文昌鱼的数量急剧减少。