（海洋财富网选自中国海洋报）元代以后，福建同澎湖的往来已十分频繁。元大德元年 (1297)，福建平章政事高兴派军从福建渡海到澎湖、台湾，以军事行动象征对澎湖和台湾的管辖。其后泉州人民移居澎湖的逐渐增多。至元年间，在澎湖设巡检司，隶泉州府同安县管辖，澎湖正式列入中国版图。汪大渊在 《岛夷志略》中记述当时澎湖的状况： “岛分三十有六，巨细相间，坡陇相望，乃看七澳居其间，各得其名，自泉州顺风二昼夜可至。”

元成宗元贞三年 (1279年)，即大德元年，福建行省平章政事高兴上奏说，今行省由福州徒治泉州，离留求很近，可随时侦察消息，斟酌招降或讨伐，不必调动他处兵力，愿意就近一试。九月间，高兴派遣张浩、张进赴留求国，生擒130余人而还。第二年正月，又将所俘留求人放回，要他们效顺。 《元史·琉求传》说： “琉求在南海之东，漳、泉、兴、福四州界内，彭湖诸岛与琉求相对。”从对地理位置的描述中可以看出，这里的琉求指的是台湾。

公元1280年~1368年，元世祖忽必烈要求日本镰仓幕府朝贡，因被拒绝，于是出兵征讨日本，途经琉求 （台湾）和澎湖。

元朝至元二十八年 （1291年），海船副万户杨祥请求带兵6000人前往流求招降，如其不服就发兵攻击，朝廷从其请。当时有从小生长在福建沿海、熟知海道利病的吴志斗主张先从澎湖发船往谕，了解水势地利，然后发兵。当年10月，元政府命杨祥为宣抚使，给金符，吴志斗为礼部员外郎、阮鉴为兵部员外郎，给银符，往使琉求，这是元朝当局经营琉求的开始。第二年，他们从汀路尾澳起航，船行不久，望见一个低而长的岛屿，杨祥以为已到琉求，率众船停靠岛边，命令刘闰带领200余人分乘11艘小船上岸。岛上的人听不懂他们的话，引起争执，元军被杀3人，不得不撤到船上，继续航行，抵达澎湖。第二天，因吴志斗失踪，只好返航，招谕琉求的任务没有完成。过了5年，成宗元贞三年 （1297年），元朝政府改福建省为福建平海等处行中书省，并由福州 “徒治泉州，以图琉求”。同年9月，福建平章政事高兴派省都镇抚张浩、福州新军万户张进二人率军再次赴琉求招谕。这七八年是元朝积极经营台湾的时期。大约就在这个时期，为了便于对琉求的管理，在1292年～1294年元政府在澎湖设立了巡检司，隶属于晋江县、巡检职位很低，只有九品，主要负责巡逻和查缉罪犯，并兼办盐课。澎湖巡检司的出现，说明元朝政府已经在这个地区设置了行政管理机构。

元代两次招抚台湾没有结果，但在澎湖却有建制，设立了巡检司，隶属于泉州府同安县。这是大陆政府在澎湖建立正式政权机构的开始。

明朝初年，朝廷仍设澎湖巡检司。洪武二十年，为防倭寇，实行坚壁清野，撤销了澎湖巡检司，并把居民迁到漳州、泉州一带居住，以为这样可以断绝倭寇的供应，使他们无法在澎湖立足。到了嘉靖年间，倭寇屡次入侵。特别是嘉靖四十二年 （1563年）得到倭寇将侵扰鸡笼、淡水 （今台湾）的消息，明朝政府立即恢复了澎湖巡检司的设置，归泉南游击将军统辖。在行政上，将澎湖划归泉州同安县。万历二十五年 （1597年）增设澎湖游兵。万历三十年，倭寇侵扰台湾西南部，浯屿将军沈有容率军舰20艘，一举荡平了倭寇。元顺帝时，在澎湖正式设置巡检司，管辖澎湖和台湾，为进一步经略台湾揭开了序幕。

明代澎湖巡检司的辖区，扩大到台湾本岛。当嘉靖四十二年，海上武装集团头目林道乾盘踞台湾时，明将俞大猷即派兵到鹿耳门巡哨；万历三十年 （1602年），明将沈有容率部入台清剿倭寇巢穴；明末天启年间（1622～1625年），朝廷派兵驱逐入侵澎湖的荷兰殖民者。