宋代在闽浙就开始有妈祖信仰，沿海一带修建了妈祖庙，祭祀妈祖，以求得妈祖在海运和渔业上的保佑，并随着海运发展开始在山东一些地区传播。到了元代，泰定三年（1326年）在天津的海津镇始建天后宫，除了众所周知的漕运的原因外，官府对妈祖信仰的承认与支持也是重要原因之一。但是，在元代除了海津镇外，北方各地尚未见修建天后宫。
在明代初期，虽然政府对民间实施海禁政策，但是民间的贸易没有中断，而且官方的漕运仍然很频繁，妈祖信仰的传播范围不仅限于天津这样的漕运终点，在沿途的山东沿海也由于江浙闽的海船和商人的增多而较为广泛地流传，其主要体现在天妃宫的修建。
海运漕粮进入山东省后，“荣城之石岛、俚岛，文登之威海，福山之烟台，蓬莱之庙岛，为粮必经之路”。此时的海船吨位一般不超过五六十吨，对海口要求不高，沿岸沙滩处极利于停泊，主要是选择躲避北风、偏北风停靠。以上地方都是南来船舶较为理想的停泊场所，仅在芝罘湾内每年就有上千艘漕运船只进出。据记载，在芝罘，洪武五年（1372年）“靖海侯吴桢总舟师数万，由登莱转运饷辽”；永乐元年（1403年）“督海运粮四十九万石饷北京、辽东，后增至七十万石” ，这时，芝罘湾港口已经转到向南部的西南河口，其入海口是大片浅滩，人们在西南河口东侧建立了天妃宫，以祈求海神的保护。
在山海关也修建了天妃宫。山海关的码头庄唐代以前就是储存军粮、接运转输海运粮秣的口岸，辽金时期荒废。明初徐达费时2年修筑长城和关城，动用屯兵、匠役和民夫不少于1.5万人，其食粮和部分建筑材料，要依靠海运。为了南来物资的储存和转运，徐达在原来泊船旧址开设了码头庄港，将食粮、棉花、布匹、冬衣等在这里集中后转运辽东，仅食粮一项洪武末年最高达70万石。于是在这里就出现了天妃宫和海神庙。明代兵部主事祁顺曾题写了“天后宫碑记”：“海运之人，有适急变，而赖神以济者，因建以咎神祝。”天顺七年（1463年）新建，清乾隆皇帝御书赐额“珠宫涌现”，后相继在附近的金山和北戴河的老虎石等地又修建了天妃庙。
在辽东半岛也出现了天后宫。元代辽代与中原的官方联系中断，但民间贸易仍存，南方的米、布匹等商品与辽东的马匹、毛皮、药材等商品均经辽东半岛各口岸交易往来；明代粮饷、军服等从这里上岸，于是有天妃宫出现，虽然修建的具体年代难以考订，至少明正统九年十月（1444年）朝廷命辽东金州、海州二卫春秋择日祀天妃庙，说明此时已经有了具有一定规模的天妃宫了；而且从明代和清初的一些官方文件中屡屡看到以娘娘宫、娘娘庙为地点，也佐证了娘娘宫已经久存。