山东省各级政府和海洋行政主管部门十分重视海洋生态保护工作，积极推动海洋自然保护区建设。自1991年起至今，全省已建立各级海洋自然保护区9处，其中国家级1处；省级7处；市级1处，保护区总面积达到468406.2公顷。海洋与渔业自然保护区的建设，对于维持基本生态过程和生命维持系统，确保珍稀、濒危海洋生物物种和生态系统的持续利用；保护海洋与渔业生物多样性，推动生态省建设具有十分重要的意义。
黄河三角洲国家级自然保护区(国家级)
1992年，国务院批准建立黄河三角洲国家级自然保护区，保护区面积15300公顷，主要保护对象为原生性湿地生态系统及珍禽。
庙岛群岛海洋自然保护区(省级)
1991年，山东省人民政府批准建立庙岛群岛海洋自然保护区，保护区面积5 2 50 公顷，主要保护对象为暖温带海岛生态系。
青岛大公岛岛屿生态系统自然保护区(省级)
2001年，山东省人民政府批准建立青岛大公岛岛屿生态系统自然保护区。保护总面积1603公顷。主要保护对象为海洋生态系统。
滨州贝壳堤岛与湿地系统省级自然保护区(省级)
2002年1月2 5日，山东省人民政府批准建立无棣贝壳堤岛与湿地系统省级自然保护区，保护区面积为80480公顷，主要保护对象为贝壳脊滩海洋自然遗产和湿地生物系统。2004年2月1 7日更名为滨州贝壳堤岛与湿地系统省级自然保护区。
海阳千里岩岛海洋生态系统省级自然保护区(省级)
2002年1月2 5日，山东省人民政府批准建立海阳千里岩岛海洋生态系统省级自然保护区，保护区面积1823公顷，主要保护对象为岛屿与海洋生态系统包括林木、鸟类资源。
荣成成山头省级自然保护区(省级)
2002年12月30日，山东省人民政府批准建立荣成成山头省级自然保护区。保护区总面积为6366公顷。主要保护对象海洋综合生态系统包括海岸地质自然遗迹和人文历史遗迹。
胶南灵山岛省级自然保护区(省级)
2002年1 2月3 0日，山东省人民政府批准建立胶南灵山岛省级自然保护区。保护区总面积为3283.2公顷。主要保护对象为海岛生态系统，包括海域及海洋生物资源、林木资源、鸟类资源和地质地貌。
烟台崆峒列岛省级自然保护区(省级)
2003年3月4日，山东省人民政府批准建立烟台崆峒列岛省级自然保护区。保护区总面积7690公顷。主要保护对象为岛屿生态系统与海洋生态系统。
日照前三岛海洋自然保护区(市级)
1992年，日照市人民政府批准建立日照前三岛海洋自然保护区。保护区总面积41200公顷。主要保护对象为海洋生态系统和渔业资源。

2005年1月6日