此次护渔行动由农业部渔政指挥中心统一组织领导，各海区渔政渔港监督管理局（以下简称海区局）、沿海各级渔业行政主管部门及其渔政渔港监督管理机构组织实施。护渔行动分为港口执法检查和海上执法检查两个方面。其中，港口执法检查由港口所在地的县（市、区）级渔业行政主管部门负责实施。检查的重点内容为：渔船持“三证”、船员持证情况；渔船安全设施配备情况；渔船标识情况，包括渔船船名号、船籍港标识是否准确，是否存在假冒或涂改船名号、船籍港等。检查的范围为辖区内的重点渔业港口。海上执法行动由国家、省（区、市）两级渔业行政主管部门分别组织实施。国家负责的行动由各海区局统一组织，有关省(区、市)渔政执法机构参加。省（区、市）负责的行动由各省（区、市）渔业行政主管部门根据情况自行组织开展。检查的重点内容为：渔船持“三证”、特许（专项）捕捞许可证情况；违反伏季休渔规定渔船。包括生产船和收购非法渔获物的渔业辅助船；使用禁用渔具作业渔船。包括电脉冲捕虾渔船、使用低于最小网目尺寸网具作业渔船；假冒、套牌或涂改船名号、船籍港的渔船等。海区局统一组织的执法行动检查的重点为中日、中韩、中越渔业协定水域、北纬35度线附近海域、台浅渔场、禁渔区线附近海域及其他违规渔船集中海域。省（区、市）组织的执法行动检查的重点为毗邻的禁渔区线内海域或其他重点海域。
通知明确了对违法违规渔船的处置原则，要求各海区局和各级渔业行政主管部门完善措施，精心组织，抓好落实。一是加强对渔民开展以守法生产、安全生产、遵守伏季休渔制度、提高渔业资源保护意识等为主要内容的宣传教育，争取广大渔民对护渔行动的理解和支持；适时宣传护渔行动的效果，对一些典型的违法违规案件，要及时通过新闻媒体进行宣传，扩大影响。二是发挥群管作用，设立和公布护渔行动举报电话，方便渔民举报。三是加强对执法人员的培训教育，提高依法行政意识，坚持严格执法、文明执法。加强执法人员的纪律教育，严格遵守护渔行动的各项纪律要求，防止发生群体事件等，以确保“护渔2007”执法行动取得圆满成功。
