文昌鱼生活在水中，形状象鱼，又有“鱼”之称，但是不是鱼呢？

通常意义上所指的鱼是用鳃呼吸，用鳍游泳，终生栖息在水中的变温脊椎动物，身体分为头、躯干和尾三部分，大多数鱼类有鳔和侧线，并有鳞波于皮肤外部，鳍是主要运动和平衡器官，特别是偶鳍是鱼类所特有的，相当于陆生脊椎动物的四肢，而文昌鱼没有头和躯干之分，没有像鱼那样的偶鳍，没有脊椎，也没有鳞，所以文昌鱼似鱼而不是鱼。

1774年，德国动物学家蒙帕拉斯曾把文昌鱼命名为软体动物中蛞蝓的一种，后来，各国动物学家相继研究了文昌鱼的结构和胚胎发育，才确定它应该属于脊索动物门、头索动物亚门的一种。